تمت كتابة هذا المنشور بالاشتراك مع ستيفن إيلوارد ومات ماكورميك وبريانا ميجور من Kitware وجوستين كيربي من مختبر فريدريك الوطني لأبحاث السرطان (FNLCR).
مختبر استوديو Amazon SageMaker ويوفر الوصول بدون تكلفة إلى بيئة تطوير التعلم الآلي (ML) لكل شخص لديه عنوان بريد إلكتروني. مثل Amazon SageMaker Studio المميز بالكامل، يسمح لك Studio Lab بتخصيص ما يناسبك بيئة كوندا وإنشاء وحدة المعالجة المركزية ووحدة معالجة الرسومات القابلة للتطوير JupyterLab الإصدار 3 أجهزة الكمبيوتر المحمولة، مع سهولة الوصول إلى أحدث أدوات إنتاجية علوم البيانات والمكتبات مفتوحة المصدر. علاوة على ذلك ، تتضمن حسابات Studio Lab المجانية 15 غيغابايت كحد أدنى من التخزين الدائم، مما يتيح لك الحفاظ على مشاريعك وإنفاقها باستمرار عبر جلسات متعددة ويسمح لك على الفور بالمتابعة من حيث توقفت وحتى مشاركة عملك المستمر وبيئات العمل مع الآخرين.
تتمثل إحدى المشكلات الرئيسية التي يواجهها مجتمع الصور الطبية في كيفية تمكين الباحثين من التجربة والاستكشاف باستخدام هذه الأدوات الأساسية. لحل هذا التحدي ، عملت فرق AWS مع أدوات المطبخ و مختبر فريدريك الوطني لأبحاث السرطان (FNLCR) للجمع بين ثلاثة مصادر رئيسية للذكاء الاصطناعي للتصوير الطبي في Studio Lab ومجتمع JupyterLab مفتوح المصدر بالكامل:
تتحد هذه الأدوات والبيانات للسماح للباحثين في مجال التصوير الطبي بالذكاء الاصطناعي بالتطوير السريع والتقييم الشامل لخوارزميات التعلم العميق الجاهزة سريريًا في بيئة شاملة وسهلة الاستخدام. تعاون أعضاء الفريق من FNLCR و Kitware لإنشاء سلسلة من دفاتر Jupyter التي توضح تدفقات العمل المشتركة للوصول برمجيًا إلى بيانات TCIA وتصورها. تستخدم دفاتر الملاحظات هذه Studio Lab للسماح للباحثين بتشغيل دفاتر الملاحظات دون الحاجة إلى إعداد بيئة تطوير Jupyter المحلية الخاصة بهم - يمكنك استكشاف أفكار جديدة بسرعة أو دمج عملك في العروض التقديمية وورش العمل والبرامج التعليمية في المؤتمرات.
يوضح المثال التالي Studio Lab الذي يقوم بتشغيل دفتر Jupyter الذي يقوم بتنزيل بيانات التصوير بالرنين المغناطيسي للبروستات من TCIA ، ويقسمها باستخدام MONAI ، ويعرض النتائج باستخدام itkWidgets.
على الرغم من أنه يمكنك بسهولة إجراء تجارب وعروض توضيحية أصغر باستخدام نماذج دفاتر الملاحظات المعروضة في هذا المنشور على Studio Lab مجانًا ، يوصى باستخدام أمازون ساجميكر ستوديو عندما تقوم بتدريب نماذج الصور الطبية الخاصة بك على نطاق واسع. Amazon SageMaker Studio عبارة عن بيئة تطوير متكاملة قائمة على الويب (IDE) مع ميزات أمان وحوكمة ومراقبة على مستوى المؤسسات يمكنك من خلالها الوصول إلى الأدوات المصممة لهذا الغرض لتنفيذ جميع خطوات تطوير تعلم الآلة. تعمل المكتبات مفتوحة المصدر مثل MONAI Core و itkWidgets أيضًا على Amazon SageMaker Studio.
قم بتثبيت الحل
لتشغيل دفاتر TCIA على Studio Lab ، تحتاج إلى تسجيل حساب باستخدام عنوان بريدك الإلكتروني على موقع Studio Lab. قد تستغرق طلبات الحساب من 1 إلى 3 أيام للموافقة عليها.
بعد ذلك ، يمكنك اتباع خطوات التثبيت للبدء:
- سجّل الدخول إلى Studio Lab وابدأ وقت تشغيل وحدة المعالجة المركزية.
- في علامة تبويب منفصلة ، انتقل إلى ملف أجهزة الكمبيوتر المحمولة TCIA GitHub repo واختر دفتر ملاحظات في المجلد الجذر للمستودع.
- اختار افتح معمل الاستوديو لفتح دفتر الملاحظات في Studio Lab.
- مرة أخرى في Studio Lab ، اختر نسخ إلى المشروع.
- في نافذة JupyterLab المنبثقة الجديدة التي تفتح ، اختر استنساخ الريبو بالكامل.
- في النافذة التالية ، احتفظ بالإعدادات الافتراضية واختر استنساخ.
- اختار OK عندما يُطلب منك التأكيد على بناء بيئة Conda الجديدة (
medical-image-ai
).
سيستغرق بناء بيئة Conda ما يصل إلى 5 دقائق. - في الجهاز الذي تم فتحه في الخطوة السابقة ، قم بتشغيل الأمر التالي لتثبيت NodeJS في ملف
studiolab
بيئة Conda ، المطلوبة لتثبيت امتداد ImJoy JupyterLab 3 بعد ذلك:conda install -y -c conda-forge nodejs
نقوم الآن بتثبيت امتداد ImJoy Jupyter باستخدام Studio Lab Extension Manager لتمكين التصورات التفاعلية. يسمح امتداد Imjoy لـ itkWidgets والعمليات الأخرى كثيفة البيانات بالتواصل مع بيئات Jupyter المحلية والبعيدة ، بما في ذلك دفاتر Jupyter و JupyterLab و Studio Lab وما إلى ذلك. - في Extension Manager ، ابحث عن "imjoy" واختر تثبيت.
- تأكد من إعادة بناء النواة عندما يُطلب منك ذلك.
- اختار حفظ وإعادة تحميل عند اكتمال البناء.
بعد تثبيت امتداد ImJoy ، ستتمكن من رؤية أيقونة ImJoy في القائمة العلوية لدفاتر ملاحظاتك.
للتحقق من ذلك ، انتقل إلى متصفح الملفات ، واختر ملف TCIA_Image_Visualalization_with_itkWidgets
دفتر ، واختر medical-image-ai
kernel لتشغيله.
ستكون أيقونة ImJoy مرئية في الزاوية العلوية اليسرى من قائمة دفتر الملاحظات.
باستخدام خطوات التثبيت هذه ، قمت بتثبيت ملف medical-image-ai
نواة Python وامتداد ImJoy كشرط أساسي لتشغيل دفاتر TCIA مع itkWidgets في Studio Lab.
اختبر المحلول
لقد أنشأنا مجموعة من أجهزة الكمبيوتر المحمولة وبرنامجًا تعليميًا يعرض تكامل تقنيات الذكاء الاصطناعي هذه في Studio Lab. تأكد من اختيار ملف medical-image-ai
نواة Python عند تشغيل دفاتر TCIA المحمولة في Studio Lab.
أول دفتر ملاحظات من SageMaker يوضح كيفية تنزيل صور DICOM من TCIA وتصور تلك الصور باستخدام إمكانات عرض الحجم السينمائي الخاصة بـ itkWidgets.
دفتر الملاحظات الثاني يوضح كيف يمكن تنزيل التعليقات التوضيحية الخبيرة المتوفرة لمئات الدراسات حول TCIA ككائنات DICOM SEG و RTSTRUCT ، ويتم تصورها في شكل ثلاثي الأبعاد أو كتراكبات على شرائح ثنائية الأبعاد ، واستخدامها للتدريب وتقييم أنظمة التعلم العميق.
المفكرة الثالثة يوضح كيف يمكن تنزيل نماذج التعلم العميق MONAI المُدرَّبة مسبقًا والمتاحة على نموذج حديقة حيوان MONAI واستخدامها لتقسيم وحدات تخزين التصوير بالرنين المغناطيسي للبروستاتا الخاصة بـ TCIA (أو الخاصة بك).
اختار افتح معمل الاستوديو في هذه الدفاتر وغيرها من دفاتر JupyterLab لتشغيل تلك الدفاتر في بيئة Studio Lab المتوفرة مجانًا.
تنظيف
بعد اتباع خطوات التثبيت الواردة في هذا المنشور وإنشاء ملف medical-image-ai
بيئة Conda ، قد ترغب في حذفها لتوفير مساحة التخزين. للقيام بذلك ، استخدم الأمر التالي:
conda remove --name medical-image-ai --all
يمكنك أيضًا إلغاء تثبيت امتداد ImJoy عبر Extension Manager. كن على علم أنك ستحتاج إلى إعادة إنشاء بيئة Conda وإعادة تثبيت ملحق ImJoy إذا كنت ترغب في مواصلة العمل مع دفاتر TCIA في حساب Studio Lab الخاص بك لاحقًا.
أغلق علامة التبويب الخاصة بك ولا تنس الاختيار وقف وقت التشغيل في صفحة مشروع Studio Lab.
وفي الختام
SageMaker Studio Lab متاح لمجتمعات أبحاث الذكاء الاصطناعي للصور الطبية بدون تكلفة ويمكن استخدامه لنمذجة الصور الطبية بالذكاء الاصطناعي وتصور الصور الطبية التفاعلية بالاشتراك مع MONAI و itkWidgets. يمكنك استخدام البيانات المفتوحة TCIA وعينات من دفاتر الملاحظات مع Studio Lab في أحداث التدريب ، مثل الهاكاثون وورش العمل. باستخدام هذا الحل ، يمكن للعلماء والباحثين إجراء التجارب بسرعة والتعاون والابتكار باستخدام الذكاء الاصطناعي للصور الطبية. إذا كان لديك حساب AWS وقمت بإعداد مجال SageMaker Studio ، فيمكنك أيضًا تشغيل دفاتر الملاحظات هذه على Studio باستخدام نواة Python لعلوم البيانات الافتراضية (مع ImJoy-jupyter-extension
مثبتة) أثناء الاختيار من ملف مجموعة متنوعة من أنواع مثيلات الحساب.
ستوديو لاب أيضا أطلقت ميزة جديدة في AWS re: Invent 2022 لأخذ دفاتر الملاحظات التي تم تطويرها في Studio Lab وتشغيلها كوظائف مجمعة وفقًا لجدول زمني متكرر في حسابات AWS الخاصة بك. لذلك ، يمكنك توسيع نطاق تجارب ML الخاصة بك بما يتجاوز حدود الحوسبة المجانية لـ Studio Lab واستخدام مثيلات حوسبة أكثر قوة مع مجموعات بيانات أكبر بكثير على حسابات AWS الخاصة بك.
إذا كنت مهتمًا بمعرفة المزيد حول كيفية مساعدة AWS في مؤسستك للرعاية الصحية أو علوم الحياة ، فيرجى الاتصال بـ ممثل AWS. لمزيد من المعلومات حول MONAI و itkWidgets ، يرجى الاتصال أدوات المطبخ. تتم إضافة بيانات جديدة إلى TCIA بشكل مستمر ، ونرحب باقتراحاتك ومساهماتك من خلال زيارة موقع TCIA الإلكتروني.
لمزيد من القراءة
حول المؤلف
ستيفن إيلوارد هو مدير أول للمبادرات الإستراتيجية في Kitware ، وأستاذ مساعد للكمبيوتر في جامعة نورث كارولينا في تشابل هيل ، وزميل جمعية MICCAI. أسس الدكتور أيلوارد مكتب Kitware في ولاية كارولينا الشمالية ، وكان رائدًا في العديد من المبادرات مفتوحة المصدر ، وهو الآن رئيس المجلس الاستشاري لـ MONAI.
مات ماكورميكهو مهندس متميز في Kitware ، حيث يقود تطوير Insight Toolkit (ITK) ، وهي مجموعة أدوات علمية لتحليل الصور. لقد كان باحثًا رئيسيًا ومحققًا مشاركًا في العديد من المنح البحثية من المعاهد الوطنية للصحة (NIH) ، وقاد المشاركات مع المختبرات الوطنية للولايات المتحدة ، وقاد العديد من المشاريع التجارية التي توفر برامج متقدمة للأجهزة الطبية. يعد الدكتور ماكورميك من أشد المدافعين عن البرمجيات مفتوحة المصدر التي يقودها المجتمع ، والعلوم المفتوحة ، والأبحاث القابلة للتكرار.
بريانا ميجور مهندس بحث وتطوير في Kitware ولديه شغف لتطوير برامج وأدوات مفتوحة المصدر من شأنها أن تفيد المجتمعات الطبية والعلمية.
Jأوستن كيربي هو مدير المشروع الفني في مختبر فريدريك الوطني لأبحاث السرطان (FNLCR). يركز عمله على طرق تمكين مشاركة البيانات مع الحفاظ على خصوصية المريض لتحسين التكاثر والشفافية في أبحاث التصوير السرطاني. أسس فريقه The Cancer Imaging Archive (TCIA) في عام 2010 ، والذي استفاد منه مجتمع البحث لنشر أكثر من 200 مجموعة بيانات تتعلق بالمخطوطات والمنح ومسابقات التحدي والمبادرات البحثية الرئيسية للمعهد الوطني للسرطان. تمت مناقشة مجموعات البيانات هذه في أكثر من 1,500 منشور تمت مراجعته من قبل الزملاء.
قانغ فو هو مهندس حلول الرعاية الصحية في AWS. وهو حاصل على درجة الدكتوراه في العلوم الصيدلانية من جامعة ميسيسيبي ولديه أكثر من عشر سنوات من الخبرة في مجال التكنولوجيا والبحوث الطبية الحيوية. إنه شغوف بالتكنولوجيا والتأثير الذي يمكن أن تحدثه على الرعاية الصحية.
اليكس ليم هو مدير تطوير الأعمال للتصوير الطبي في AWS. يحدد Alex ويطبق استراتيجيات الدخول إلى السوق مع شركاء التصوير ويقود تطوير الحلول لتسريع أبحاث التصوير الطبي القائمة على الذكاء الاصطناعي / التعلم الآلي في السحابة. إنه متحمس لدمج أطر ML مفتوحة المصدر مع AWS AI / ML stack.
- محتوى مدعوم من تحسين محركات البحث وتوزيع العلاقات العامة. تضخيم اليوم.
- بلاتوبلوكشين. Web3 Metaverse Intelligence. تضخيم المعرفة. الوصول هنا.
- المصدر https://aws.amazon.com/blogs/machine-learning/share-medical-image-research-on-amazon-sagemaker-studio-lab-for-free/
- 1
- 100
- 2D
- 3d
- 77
- a
- ماهرون
- من نحن
- تسريع
- الوصول
- يمكن الوصول
- حسابي
- الحسابات
- في
- وأضاف
- العنوان
- متقدم
- استشاري
- المجلس الاستشاري
- محام
- بعد
- AI
- منظمة العفو الدولية البحوث
- AI / ML
- اليكس
- خوارزميات
- الكل
- السماح
- يسمح
- أمازون
- الأمازون SageMaker
- أمازون ساجميكر ستوديو
- مختبر استوديو Amazon SageMaker
- تحليل
- و
- من وزارة الصحة
- أرشيف
- متاح
- AWS
- AWS إعادة: اختراع
- أساس
- قبل
- يجري
- تستفيد
- Beyond
- أكبر
- الطبية الحيوية
- مجلس
- جلب
- المتصفح
- نساعدك في بناء
- الأعمال
- تطوير الاعمال
- السرطان.
- أبحاث السرطان
- قدرات
- حمل
- كرسي
- تحدى
- اختار
- سحابة
- تعاون
- تعاونت
- COM
- مجموعة
- دمج
- تجاري
- مشترك
- التواصل
- المجتمعات
- مجتمع
- المجتمع مدفوعة
- المسابقات
- إكمال
- شامل
- إحصاء
- الكمبيوتر
- المؤتمرات
- أكد
- التواصل
- استمر
- بشكل متواصل
- مساهمات
- جوهر
- زاوية
- التكلفة
- وحدة المعالجة المركزية:
- خلق
- خلق
- تصميم
- البيانات
- علم البيانات
- تبادل البيانات
- قواعد البيانات
- أيام
- عميق
- التعلم العميق
- الترتيب
- الافتراضات
- يعرف
- شرح
- ديموس
- تطوير
- المتقدمة
- تطوير
- التطوير التجاري
- الأجهزة
- مدير المدارس
- ناقش
- يعرض
- متميزه
- نطاق
- لا
- بإمكانك تحميله
- التنزيلات
- بسهولة
- البريد الإلكتروني
- تمكين
- تمكين
- مهندس
- على مستوى المؤسسة
- كامل
- البيئة
- البيئات
- أساسي
- الأثير (ETH)
- تقييم
- تقييم
- حتى
- أحداث
- كل شخص
- مثال
- ينفذ
- الخبره في مجال الغطس
- تجربة
- خبير
- اكتشف
- تمديد
- واجه
- الميزات
- عقار مميز
- المميزات
- زميل
- قم بتقديم
- الاسم الأول
- ركز
- اتباع
- يتبع
- متابعيك
- تاسست
- الأطر
- فريدريك
- مجانًا
- تبدأ من
- تماما
- دولار فقط واحصل على خصم XNUMX% على جميع
- GIF
- GitHub جيثب:
- اذهب إلى السوق
- الحكم
- منح
- أحداث الهاكاثون
- صحة الإنسان
- الرعاية الصحية
- مساعدة
- يحمل
- كيفية
- كيفية
- HTML
- HTTPS
- مئات
- اي كون
- الأفكار
- صورة
- تحليل الصور
- صور
- التصوير
- التأثير
- تحسن
- in
- تتضمن
- بما فيه
- معلومات
- المبادرات
- الابتكار
- تبصر
- تثبيت
- تثبيت
- مثل
- دمج
- المتكاملة
- دمج
- التكامل
- التفاعلية
- يستفد
- قضية
- IT
- المشــاريــع
- مفكرة Jupyter
- جوستين
- احتفظ
- القفل
- مختبر
- مختبر
- آخر
- إطلاق
- زعيم
- يؤدي
- تعلم
- ليد
- المكتبات
- الحياة
- علوم الحياة
- القيود
- محلي
- آلة
- آلة التعلم
- المحافظة
- رائد
- جعل
- مدير
- طبي
- الأجهزة الطبية
- التصوير الطبي
- الأعضاء
- القائمة
- طرق
- الحد الأدنى
- دقائق
- ميسيسيبي
- ML
- نموذج
- تصميم
- عارضات ازياء
- مراقبة
- الأكثر من ذلك
- التصوير بالرنين المغناطيسي
- متعدد
- محليات
- المعاهد الوطنية للصحة
- التنقل
- حاجة
- جديد
- ميزة جديدة
- التالي
- المعاهد الوطنية للصحة
- شمال
- شمال كارولينا
- مفكرة
- أجهزة الكمبيوتر المحمولة
- الأجسام
- Office
- جارية
- جاكيت
- بيانات مفتوحة
- المصدر المفتوح
- برمجيات مفتوحة المصدر
- افتتح
- يفتح
- منظمة
- أخرى
- أخرى
- الخاصة
- شركاء
- شغف
- عاطفي
- المريض
- الند
- نفذ
- الأدوية
- اختيار
- أفلاطون
- الذكاء افلاطون البيانات
- أفلاطون داتا
- من فضلك
- المنبثقة
- منشور
- قوي
- العروض
- قدم
- رئيسي
- خصوصية
- العمليات
- إنتاجية
- أدوات الإنتاجية
- البروفيسور
- تنفيذ المشاريع
- مشروع ناجح
- ويوفر
- توفير
- المنشورات
- نشر
- بايثون
- بسرعة
- RE
- استعداد
- موصى به
- متكرر
- تسجيل جديد
- ذات صلة
- عن بعد
- إزالة
- أداء
- مستودع
- طلبات
- مطلوب
- بحث
- البحث والتطوير
- مجتمع الأبحاث
- الباحثين
- الموارد
- النتائج
- استعرض
- جذر
- يجري
- تشغيل
- sagemaker
- معمل استوديو SageMaker
- حفظ
- حجم
- جدول
- علوم
- علوم
- العلماء
- بحث
- الثاني
- أمن
- قطعة
- شرائح
- اختيار
- كبير
- مستقل
- مسلسلات
- دورات
- طقم
- عدة
- مشاركة
- مشاركة
- يظهر
- الأصغر
- So
- جاليات
- تطبيقات الكمبيوتر
- حل
- الحلول
- حل
- مصدر
- الفضاء
- كومة
- بداية
- بدأت
- المحافظة
- خطوة
- ستيفن
- خطوات
- تخزين
- إستراتيجي
- استراتيجيات
- قوي
- دراسات
- ستوديو
- بنجاح
- أنظمة
- أخذ
- فريق
- فريق
- تقني
- التكنولوجيا
- تكنولوجيا
- عشرة
- محطة
- •
- من مشاركة
- وبالتالي
- الثالث
- بعناية
- ثلاثة
- إلى
- سويا
- أدوات
- أدوات
- تيشرت
- قطار
- قادة الإيمان
- الشفافية
- البرنامج التعليمي
- الدروس
- متحد
- الولايات المتحدة
- جامعة
- تستخدم
- سهل الاستعمال
- مختلف
- تحقق من
- الإصدار
- بواسطة
- مرئي
- التصور
- تصور
- حجم
- مجلدات
- على شبكة الإنترنت
- ترحيب
- التي
- في حين
- سوف
- بدون
- للعمل
- عمل
- سير العمل
- عامل
- الدورات
- سنوات
- حل متجر العقارات الشامل الخاص بك في جورجيا
- زفيرنت
- ZOO