See postitus on kirjutatud koos Stephen Aylwardi, Matt McCormicki, Brianna Majoriga Kitwarest ja Justin Kirbyga Fredericki riiklikust vähiuuringute laborist (FNLCR).
Amazon SageMaker Studio Lab annab tasuta juurdepääs masinõppe (ML) arenduskeskkonda kõigile, kellel on meiliaadress. Nagu täisfunktsionaalne Amazon SageMaker Studio, Studio Lab võimaldab teil kohandada oma Conda keskkond ning luua CPU- ja GPU-ga skaleeritav JupyterLabi 3. versiooni sülearvutid, millel on lihtne juurdepääs uusimatele andmeteaduse tootlikkuse tööriistadele ja avatud lähtekoodiga teekidele. Lisaks sisaldavad Studio Labi tasuta kontod vähemalt 15 GB püsimälu, mis võimaldab teil oma projekte pidevalt hooldada ja kulutada mitme seansi jooksul ning koheselt jätkata sealt, kus pooleli jäi, ja isegi jagada oma käimasolevat tööd ja töökeskkondi teistega.
Meditsiinilise kuvandi kogukonna peamine probleem on see, kuidas võimaldada teadlastel nende oluliste vahenditega katsetada ja uurida. Selle väljakutse lahendamiseks töötasid AWS-i meeskonnad Kööginõud ja Fredericki riiklik vähiuuringute labor (FNLCR) koondada Studio Labi ja kogu avatud lähtekoodiga JupyterLabi kogukonna jaoks kolm peamist meditsiinilise pildistamise AI ressurssi:
Need tööriistad ja andmed võimaldavad meditsiinilise kujutise tehisintellekti teadlastel kiiresti välja töötada ja põhjalikult hinnata kliiniliselt valmis süvaõppe algoritme terviklikus ja kasutajasõbralikus keskkonnas. FNLCRi ja Kitware meeskonnaliikmed tegid koostööd, et luua Jupyteri sülearvutite seeria, mis demonstreerivad ühiseid töövooge, et programmiliselt TCIA andmetele juurde pääseda ja neid visualiseerida. Need sülearvutid kasutavad Studio Labi, et võimaldada teadlastel märkmikke käitada, ilma et oleks vaja luua oma kohalikku Jupyteri arenduskeskkonda – saate kiiresti uurida uusi ideid või integreerida oma tööd konverentsidel esitlustesse, töötubadesse ja õpetustesse.
Järgmine näide illustreerib Studio Labi, kus töötab Jupyteri sülearvuti, mis laadib alla TCIA eesnäärme MRI andmed, segmenteerib need MONAI abil ja kuvab tulemused itkWidgetsi abil.
Kuigi saate selles Studio Labi postituses esitatud näidismärkmike abil hõlpsasti teha väiksemaid katseid ja demosid, on soovitatav kasutada Amazon SageMaker Studio kui treenite omaenda meditsiinilise kuvandi mudeleid skaalal. Amazon SageMaker Studio on integreeritud veebipõhine arenduskeskkond (IDE), millel on ettevõttetasemel turbe-, juhtimis- ja jälgimisfunktsioonid, mille kaudu pääsete juurde kõigi ML-i arendustoimingute tegemiseks mõeldud tööriistadele. Amazon SageMaker Studios töötavad ka avatud lähtekoodiga raamatukogud, nagu MONAI Core ja itkWidgets.
Installige lahendus
TCIA sülearvutite käitamiseks Studio Labis peate registreerima konto, kasutades oma e-posti aadressi aadressil Studio Labi veebisait. Kontotaotluste kinnitamine võib võtta 1–3 päeva.
Pärast seda saate alustamiseks järgida installimise samme:
- Logige Studio Labi sisse ja käivitage CPU käitusaeg.
- Eraldi vahekaardil liikuge lehele TCIA sülearvutite GitHubi repo ja valige hoidla juurkaustast märkmik.
- Vali Avage Studio Lab märkmiku avamiseks Studio Labis.
- Tagasi Studio Labi, valige Kopeeri projekti.
- Valige uues avanevas JupyterLabi hüpikaknas Kloonige kogu repo.
- Järgmises aknas jätke vaikeseaded alles ja valige Kloonide.
- Vali OK kui teil palutakse kinnitada uue Conda keskkonna loomine (
medical-image-ai
).
Conda keskkonna ehitamine võtab aega kuni 5 minutit. - Käivitage eelmises etapis avatud terminalis NodeJS-i installimiseks järgmine käsk
studiolab
Conda keskkond, mis on vajalik ImJoy JupyterLab 3 laienduse installimiseks järgmiselt:conda install -y -c conda-forge nodejs
Nüüd installime ImJoy Jupyteri laienduse Studio Lab Extension Manageri abil, et võimaldada interaktiivseid visualiseerimisi. Imjoy laiendus võimaldab itkWidgetidel ja muudel andmemahukatel protsessidel suhelda Jupyteri kohalike ja kaugkeskkondadega, sealhulgas Jupyteri sülearvutite, JupyterLabi, Studio Labi jne. - Otsige laiendushalduris sõna "imjoy" ja valige paigaldama.
- Kinnitage kerneli taasehitamine, kui seda küsitakse.
- Vali Salvestage ja laadige uuesti kui ehitus on lõppenud.
Pärast ImJoy laienduse installimist näete oma sülearvuti ülamenüüs ImJoy ikooni.
Selle kontrollimiseks liikuge failibrauserisse ja valige TCIA_Image_Visualalization_with_itkWidgets
märkmik ja valige medical-image-ai
kernel selle käitamiseks.
ImJoy ikoon on nähtav märkmiku menüü vasakus ülanurgas.
Nende installitoimingutega olete installinud edukalt medical-image-ai
Pythoni kernel ja ImJoy laiendus on eeltingimuseks TCIA sülearvutite koos itkWidgetsiga Studio Labis käitamiseks.
Testige lahendust
Oleme loonud sülearvutite komplekti ja õpetuse, mis tutvustab nende AI-tehnoloogiate integreerimist Studio Labis. Valige kindlasti medical-image-ai
Pythoni kernel TCIA sülearvutite käitamisel Studio Labis.
Esimene SageMakeri märkmik näitab, kuidas TCIA-st DICOM-pilte alla laadida ja neid pilte visualiseerida, kasutades itkWidgetsi kinematograafilise helitugevuse renderdamisvõimalusi.
Teine märkmik näitab, kuidas ekspertmärkusi, mis on saadaval sadade TCIA uuringute jaoks, saab alla laadida DICOM SEG ja RTSTRUCT objektidena, visualiseerida 3D-vormingus või 2D-lõikude ülekatetena ning kasutada süvaõppesüsteemide koolitamiseks ja hindamiseks.
Kolmas märkmik näitab, kuidas MONAI mudelloomaaias saadaolevaid eelkoolitatud MONAI süvaõppe mudeleid saab alla laadida ja kasutada TCIA (või teie enda) DICOM-i eesnäärme MRI mahtude segmenteerimiseks.
Vali Avage Studio Lab nendes ja teistes JupyterLabi sülearvutites, et käivitada need sülearvutid vabalt saadaolevas Studio Labi keskkonnas.
Koristage
Pärast seda, kui olete järginud selle postituse installietappe ja loonud medical-image-ai
Conda keskkonnas, võiksite selle salvestusruumi säästmiseks kustutada. Selleks kasutage järgmist käsku:
conda remove --name medical-image-ai --all
ImJoy laienduse saate desinstallida ka laiendushalduri kaudu. Pidage meeles, et kui soovite hiljem Studio Labi kontol TCIA sülearvutitega tööd jätkata, peate Conda keskkonna uuesti looma ja ImJoy laienduse uuesti installima.
Sulgege vahekaart ja ärge unustage valida Peatage käitusaeg Studio Lab projekti lehel.
Järeldus
SageMaker Studio Lab on meditsiiniliste piltide tehisintellekti uurimisringkondadele tasuta juurdepääsetav ning seda saab kasutada meditsiiniliste piltide tehisintellekti modelleerimiseks ja interaktiivseks meditsiiniliste kujutiste visualiseerimiseks koos MONAI ja itkWidgetsidega. Saate kasutada TCIA avaandmeid ja näidismärkmikke koos Studio Labiga koolitusüritustel, näiteks häkatonidel ja töötubadel. Selle lahendusega saavad teadlased ja teadlased kiiresti katsetada, teha koostööd ja teha uuendusi meditsiinilise pildi tehisintellektiga. Kui teil on AWS-i konto ja olete seadistanud SageMaker Studio domeeni, saate neid märkmikke käitada ka Studios, kasutades Data Science Pythoni vaiketuuma (koos ImJoy-jupyter-extension
installitud), valides samal ajal hulgast a arvutuseksemplari tüübid.
Stuudio labor samuti käivitas AWS re:Invent 2022 uue funktsiooni et võtta Studio Labis arendatud märkmikud ja käitada neid AWS-i kontodel korduva ajakava alusel paketttöödena. Seetõttu saate oma ML-katseid laiendada Studio Labi tasuta arvutuspiirangutest ja kasutada oma AWS-i kontodel võimsamaid arvutusjuhte palju suuremate andmekogumitega.
Kui soovite lisateavet selle kohta, kuidas AWS saab teie tervishoiu- või bioteaduste organisatsiooni aidata, võtke ühendust AWS esindaja. MONAI ja itkWidgetsi kohta lisateabe saamiseks võtke ühendust Kööginõud. TCIA-sse lisatakse pidevalt uusi andmeid ning teie ettepanekud ja kaastööd on teretulnud, külastades TCIA veebisait.
Lisalugemist
Autoritest
Stephen Aylward on Kitware strateegiliste algatuste vanemdirektor, Chapel Hilli Põhja-Carolina ülikooli arvutiteaduse dotsent ja MICCAI ühingu liige. Dr Aylward asutas Kitware'i kontori Põhja-Carolinas, on olnud mitme avatud lähtekoodiga algatuse juht ja on nüüd MONAI nõuandekogu esimees.
Matt McCormick, PhD, on Kitware tunnustatud insener, kus ta juhib teadusliku pildianalüüsi tööriistakomplekti Insight Toolkiti (ITK) väljatöötamist. Ta on olnud juhtivteadur ja kaasuurija mitmete riiklike tervishoiuinstituutide (NIH) uurimistoetuste puhul, juhtinud koostööd Ameerika Ühendriikide riiklike laboritega ja juhtinud erinevaid kommertsprojekte, mis pakuvad meditsiiniseadmetele täiustatud tarkvara. Dr McCormick on kogukonnapõhise avatud lähtekoodiga tarkvara, avatud teaduse ja reprodutseeritavate uuringute tugev pooldaja.
Brianna Major on Kitware uurimis- ja arendusinsener, kelle kirg on arendada avatud lähtekoodiga tarkvara ja tööriistu, millest saavad kasu meditsiini- ja teadusringkonnad.
Justin Kirby on Fredericki riikliku vähiuuringute labori (FNLCR) tehniline projektijuht. Tema töö keskendub meetoditele, mis võimaldavad andmete jagamist, säilitades samal ajal patsientide privaatsuse, et parandada vähi kuvamise uuringute reprodutseeritavust ja läbipaistvust. Tema meeskond asutas 2010. aastal vähikujutise arhiivi (TCIA), mida teadlaskond on kasutanud, et avaldada üle 200 andmekogumi, mis on seotud käsikirjade, stipendiumide, väljakutsevõistluste ja suuremate NCI uurimisalgatustega. Neid andmekogumeid on arutatud enam kui 1,500 eelretsenseeritud väljaandes.
Gang Fu on AWS-i tervishoiulahenduste arhitekt. Tal on doktorikraad farmaatsiateadustes Mississippi ülikoolist ning tal on üle kümne aasta kogemusi tehnoloogia ja biomeditsiiniliste uuringute valdkonnas. Ta on kirglik tehnoloogia ja selle mõju tervishoiule.
Alex Lemm on AWS-i meditsiinilise pildistamise äriarendusjuht. Alex määratleb ja rakendab koos pildinduspartneritega turule mineku strateegiaid ning juhib lahenduste väljatöötamist, et kiirendada AI/ML-põhist meditsiinilist pildindusuuringut pilves. Ta on kirglik avatud lähtekoodiga ML-i raamistike integreerimisest AWS AI/ML-i virnaga.
- SEO-põhise sisu ja PR-levi. Võimenduge juba täna.
- Platoblockchain. Web3 metaversiooni intelligentsus. Täiustatud teadmised. Juurdepääs siia.
- Allikas: https://aws.amazon.com/blogs/machine-learning/share-medical-image-research-on-amazon-sagemaker-studio-lab-for-free/
- 1
- 100
- 2D
- 3d
- 77
- a
- Võimalik
- MEIST
- kiirendama
- juurdepääs
- juurdepääsetav
- konto
- Kontod
- üle
- lisatud
- aadress
- edasijõudnud
- nõuandev
- nõuandev kogu
- advokaat
- pärast
- AI
- ai uuringud
- AI / ML
- Alex
- algoritme
- Materjal: BPA ja flataatide vaba plastik
- Lubades
- võimaldab
- Amazon
- Amazon SageMaker
- Amazon SageMaker Studio
- Amazon SageMaker Studio Lab
- analüüs
- ja
- heaks
- Arhiiv
- saadaval
- AWS
- AWS re: leiutada
- alus
- enne
- on
- kasu
- Peale
- suurem
- biomeditsiiniline
- juhatus
- tooma
- brauseri
- ehitama
- äri
- ettevõtluse arendamine
- vähk
- vähiuuringud
- võimeid
- viima
- Tool
- väljakutse
- Vali
- Cloud
- Teevad koostööd
- koostööd teinud
- COM
- kombinatsioon
- ühendama
- kaubandus-
- ühine
- edastama
- Ühenduste
- kogukond
- Kogukondlik
- Võistlused
- täitma
- terviklik
- Arvutama
- arvuti
- konverentsid
- Kinnitama
- kontakt
- jätkama
- pidevalt
- sissemaksed
- tuum
- Nurk
- Maksma
- Protsessor
- looma
- loodud
- kohandada
- andmed
- andmeteadus
- andmete jagamine
- andmekogumid
- Päeva
- sügav
- sügav õpe
- vaikimisi
- vaikimisi
- Määratleb
- näitama
- Demod
- arendama
- arenenud
- arenev
- & Tarkvaraarendus
- seadmed
- Juhataja
- arutatud
- Näidikute
- Eriline
- domeen
- Ära
- lae alla
- allalaadimine
- kergesti
- võimaldama
- võimaldades
- insener
- ettevõtte tasemel
- Kogu
- keskkond
- keskkondades
- oluline
- Eeter (ETH)
- hindama
- hindamine
- Isegi
- sündmused
- igaüks
- näide
- Täidab
- kogemus
- eksperiment
- ekspert
- uurima
- laiendamine
- silmitsi seisnud
- tunnusjoon
- Objekte
- FUNKTSIOONID
- mees
- fail
- esimene
- keskendunud
- järgima
- Järgneb
- Järel
- Rajatud
- raamistikud
- Frederick
- tasuta
- Alates
- täielikult
- saama
- gif
- GitHub
- Turule minema
- valitsemistava
- toetusi
- Hakatonid
- Tervis
- tervishoid
- aitama
- omab
- Kuidas
- Kuidas
- HTML
- HTTPS
- sajad
- ICON
- ideid
- pilt
- pildianalüüs
- pildid
- Imaging
- mõju
- parandama
- in
- sisaldama
- Kaasa arvatud
- info
- algatused
- uuendama
- ülevaade
- paigaldama
- paigaldatud
- Näiteks
- integreerima
- integreeritud
- Integreerimine
- integratsioon
- interaktiivne
- huvitatud
- probleem
- IT
- Tööturg
- Jupyteri sülearvuti
- Justin
- hoidma
- Võti
- labor
- labor
- hiljemalt
- algatama
- juht
- Leads
- õppimine
- Led
- raamatukogud
- elu
- Maaülikooli
- piirangud
- kohalik
- masin
- masinõpe
- säilitada
- peamine
- tegema
- juht
- meditsiini-
- meditsiiniseadmete
- Meditsiiniline pildistamine
- liikmed
- menüü
- meetodid
- miinimum
- protokoll
- Mississippi
- ML
- mudel
- modelleerimine
- mudelid
- järelevalve
- rohkem
- MRI
- mitmekordne
- riiklik
- National Institutes of Health
- Navigate
- Vajadus
- Uus
- uus funktsioon
- järgmine
- NIH
- põhja-
- Põhja-Carolina
- märkmik
- märkmikud
- esemeid
- Office
- jätkuv
- avatud
- avatud andmete
- avatud lähtekoodiga
- Avatud lähtekoodiga tarkvara
- avatud
- Avaneb
- organisatsioon
- Muu
- teised
- enda
- partnerid
- kirg
- kirglik
- patsient
- peer
- täitma
- Pharmaceutical
- valima
- Platon
- Platoni andmete intelligentsus
- PlatoData
- palun
- pop-up
- post
- võimas
- Ettekanded
- esitatud
- Peamine
- privaatsus
- Protsessid
- tootlikkus
- Tootlikkuse tööriistad
- Õpetaja
- projekt
- projektid
- annab
- pakkudes
- väljaanded
- avaldama
- Python
- kiiresti
- RE
- valmis
- soovitatav
- korduv
- registreerima
- seotud
- kauge
- kõrvaldama
- rendering
- Hoidla
- Taotlusi
- nõutav
- teadustöö
- teadus-ja arendustegevus
- Teaduskogukond
- Teadlased
- Vahendid
- Tulemused
- -Läbi
- juur
- jooks
- jooksmine
- salveitegija
- SageMakeri stuudio labor
- Säästa
- Skaala
- ajakava
- teadus
- TEADUSED
- teadlased
- Otsing
- Teine
- turvalisus
- segment
- segmendid
- valides
- vanem
- eri
- Seeria
- istungid
- komplekt
- mitu
- Jaga
- jagamine
- Näitused
- väiksem
- So
- Ühiskond
- tarkvara
- lahendus
- Lahendused
- LAHENDAGE
- allikas
- Ruum
- Kestab
- algus
- alustatud
- Ühendriigid
- Samm
- Stephen
- Sammud
- ladustamine
- Strateegiline
- strateegiad
- tugev
- uuringud
- stuudio
- Edukalt
- süsteemid
- Võtma
- meeskond
- meeskonnad
- Tehniline
- Tehnoloogiad
- Tehnoloogia
- kümme
- terminal
- .
- oma
- seetõttu
- Kolmas
- põhjalikult
- kolm
- et
- kokku
- Käsiraamat
- töövahendid
- ülemine
- Rong
- koolitus
- läbipaistvus
- juhendaja
- õpetused
- Ühendatud
- Ühendriigid
- Ülikool
- kasutama
- kasutajasõbralik
- eri
- kontrollima
- versioon
- kaudu
- nähtav
- visualiseerimine
- visualiseeri
- maht
- mahud
- Veebipõhine
- teretulnud
- mis
- kuigi
- will
- ilma
- Töö
- töötas
- Töövoogud
- töö
- Töötoad
- aastat
- Sinu
- sephyrnet
- ZOO