این پست با همکاری استفان آیلوارد، مت مک کورمیک، بریانا میجر از کیتور و جاستین کربی از آزمایشگاه ملی تحقیقات سرطان فردریک (FNLCR) نوشته شده است.
Amazon SageMaker Studio Lab فراهم می کند دسترسی بدون هزینه به یک محیط توسعه یادگیری ماشین (ML) برای همه افراد دارای آدرس ایمیل. مانند استودیوی کاملاً برجسته Amazon SageMaker Studio، Studio Lab به شما اجازه می دهد تا خودتان را سفارشی کنید محیط کوندا و CPU و GPU مقیاس پذیر ایجاد کنید نوت بوک های JupyterLab نسخه 3، با دسترسی آسان به جدیدترین ابزارهای بهره وری علم داده و کتابخانه های منبع باز. علاوه بر این، حساب های رایگان Studio Lab شامل حداقل 15 گیگابایت حافظه دائمی، به شما این امکان را می دهد که پروژه های خود را به طور مداوم در جلسات متعدد نگهداری کرده و خرج کنید و به شما امکان می دهد فوراً از جایی که کار خود را متوقف کرده اید ادامه دهید و حتی محیط های کاری و کاری مداوم خود را با دیگران به اشتراک بگذارید.
یک مسئله کلیدی که جامعه تصویر پزشکی با آن مواجه است این است که چگونه می توان محققان را قادر ساخت تا با این ابزارهای ضروری آزمایش و کاوش کنند. برای حل این چالش، تیم های AWS با آنها کار کردند کیت ور و آزمایشگاه ملی تحقیقات سرطان فردریک (FNLCR) برای گردآوری سه منبع اصلی هوش مصنوعی تصویربرداری پزشکی برای آزمایشگاه استودیو و کل جامعه منبع باز JupyterLab:
این ابزارها و دادهها با هم ترکیب میشوند تا به محققان هوش مصنوعی تصویربرداری پزشکی اجازه دهند تا به سرعت الگوریتمهای یادگیری عمیق آماده بالینی را در یک محیط جامع و کاربرپسند توسعه دهند و به طور کامل ارزیابی کنند. اعضای تیم از FNLCR و Kitware برای ایجاد یک سری از نوت بوک های Jupyter که جریان های کاری رایج را برای دسترسی برنامه نویسی و تجسم داده های TCIA نشان می دهد، همکاری کردند. این نوتبوکها از Studio Lab استفاده میکنند تا به محققان اجازه دهند بدون نیاز به راهاندازی محیط توسعه محلی Jupyter، نوتبوکها را اجرا کنند—شما میتوانید به سرعت ایدههای جدید را کشف کنید یا کار خود را در ارائهها، کارگاهها و آموزشها در کنفرانسها ادغام کنید.
مثال زیر آزمایشگاه استودیو را نشان می دهد که یک نوت بوک Jupyter را اجرا می کند که داده های MRI پروستات TCIA را دانلود می کند، آن را با استفاده از MONAI تقسیم می کند و نتایج را با استفاده از itkWidgets نمایش می دهد.
اگرچه می توانید به راحتی آزمایش ها و دموهای کوچکتری را با نمونه نوت بوک های ارائه شده در این پست در Studio Lab به صورت رایگان انجام دهید، توصیه می شود از آن استفاده کنید. Amazon SageMaker Studio هنگامی که مدل های تصویر پزشکی خود را در مقیاس آموزش می دهید. Amazon SageMaker Studio یک محیط توسعه مبتنی بر وب (IDE) یکپارچه با ویژگی های امنیتی، حاکمیت و نظارت در سطح سازمانی است که از طریق آن می توانید به ابزارهای ساخته شده برای انجام تمام مراحل توسعه ML دسترسی داشته باشید. کتابخانه های منبع باز مانند MONAI Core و itkWidgets نیز در Amazon SageMaker Studio اجرا می شوند.
راه حل را نصب کنید
برای اجرای نوتبوکهای TCIA در Studio Lab، باید یک حساب کاربری با استفاده از آدرس ایمیل خود در آن ثبت کنید وب سایت آزمایشگاه استودیو. درخواستهای حساب ممکن است ۱ تا ۳ روز طول بکشد تا تأیید شوند.
پس از آن، برای شروع می توانید مراحل نصب را دنبال کنید:
- وارد Studio Lab شوید و یک زمان اجرا CPU را شروع کنید.
- در یک برگه جداگانه، به مسیر بروید مخزن نوت بوک های TCIA GitHub و یک نوت بوک را در پوشه ریشه مخزن انتخاب کنید.
- را انتخاب کنید آزمایشگاه استودیو را باز کنید برای باز کردن نوت بوک در Studio Lab.
- به آزمایشگاه استودیو برگردید، انتخاب کنید در پروژه کپی کنید.
- در پنجره جدید JupyterLab که باز می شود، را انتخاب کنید کل مخزن را کلون کنید.
- در پنجره بعدی، پیش فرض ها را نگه دارید و انتخاب کنید کلون.
- را انتخاب کنید OK هنگامی که از شما خواسته شد تا ساخت محیط جدید Conda را تأیید کنید (
medical-image-ai
).
ساخت محیط کوندا تا 5 دقیقه طول می کشد. - در ترمینالی که در مرحله قبل باز شد، دستور زیر را اجرا کنید تا NodeJS در آن نصب شود
studiolab
محیط Conda، که برای نصب افزونه ImJoy JupyterLab 3 مورد نیاز است:conda install -y -c conda-forge nodejs
اکنون افزونه ImJoy Jupyter را با استفاده از Studio Lab Extension Manager نصب می کنیم تا تجسم های تعاملی را فعال کنیم. برنامه افزودنی Imjoy به itkWidgets و سایر فرآیندهای فشرده داده اجازه می دهد تا با محیط های محلی و از راه دور Jupyter از جمله نوت بوک های Jupyter، JupyterLab، Studio Lab و غیره ارتباط برقرار کنند. - در Extension Manager عبارت imjoy را جستجو کرده و انتخاب کنید نصب.
- زمانی که از شما خواسته شد، بازسازی هسته را تأیید کنید.
- را انتخاب کنید ذخیره و بارگذاری مجدد وقتی ساخت کامل شد
پس از نصب افزونه ImJoy، می توانید نماد ImJoy را در منوی بالای نوت بوک خود مشاهده کنید.
برای تأیید این موضوع، به مرورگر فایل بروید، آن را انتخاب کنید TCIA_Image_Visualalization_with_itkWidgets
دفترچه یادداشت، و انتخاب کنید medical-image-ai
هسته برای اجرای آن.
نماد ImJoy در گوشه سمت چپ بالای منوی نوت بوک قابل مشاهده خواهد بود.
با این مراحل نصب، شما با موفقیت نصب کرده اید medical-image-ai
هسته Python و پسوند ImJoy به عنوان پیش نیاز برای اجرای نوت بوک های TCIA همراه با itkWidgets در Studio Lab.
محلول را تست کنید
ما مجموعهای از نوتبوکها و یک آموزش ایجاد کردهایم که ادغام این فناوریهای هوش مصنوعی را در آزمایشگاه استودیو نشان میدهد. حتما انتخاب کنید medical-image-ai
هسته پایتون هنگام اجرای نوت بوک های TCIA در Studio Lab.
اولین نوت بوک SageMaker نشان می دهد که چگونه می توان تصاویر DICOM را از TCIA دانلود کرد و آن تصاویر را با استفاده از قابلیت های رندر حجمی سینمایی itkWidgets تجسم کرد.
دفتر دوم نشان میدهد که چگونه یادداشتهای تخصصی که برای صدها مطالعه در مورد TCIA در دسترس هستند، میتوانند بهعنوان اشیاء DICOM SEG و RTSTRUCT بارگیری شوند، به صورت سهبعدی یا بهصورت همپوشانی روی برشهای دوبعدی تجسم شوند و برای آموزش و ارزیابی سیستمهای یادگیری عمیق استفاده شوند.
دفتر سوم نشان می دهد که چگونه می توان مدل های یادگیری عمیق MONAI از پیش آموزش دیده موجود در باغ وحش مدل MONAI را دانلود کرد و برای بخش بندی حجم های MRI پروستات DICOM TCIA (یا خودتان) استفاده کرد.
را انتخاب کنید آزمایشگاه استودیو را باز کنید در این و سایر نوتبوکهای JupyterLab برای راهاندازی آن نوتبوکها در محیط آزمایشگاه استودیو که رایگان است.
پاک کردن
پس از انجام مراحل نصب در این پست و ایجاد آن medical-image-ai
محیط Conda، ممکن است بخواهید آن را حذف کنید تا فضای ذخیره سازی ذخیره شود. برای این کار از دستور زیر استفاده کنید:
conda remove --name medical-image-ai --all
همچنین می توانید افزونه ImJoy را از طریق Extension Manager حذف نصب کنید. توجه داشته باشید که اگر میخواهید بعداً به کار با نوتبوکهای TCIA در حساب Studio Lab خود ادامه دهید، باید محیط Conda را دوباره ایجاد کنید و افزونه ImJoy را دوباره نصب کنید.
برگه خود را ببندید و انتخاب را فراموش نکنید زمان اجرا را متوقف کنید در صفحه پروژه Studio Lab.
نتیجه
آزمایشگاه SageMaker Studio بدون هیچ هزینه ای در دسترس جوامع تحقیقاتی هوش مصنوعی تصویر پزشکی است و می توان از آن برای مدل سازی هوش مصنوعی تصویر پزشکی و تجسم تصویر پزشکی تعاملی در ترکیب با MONAI و itkWidgets استفاده کرد. میتوانید از دادههای باز TCIA و نمونه نوتبوکها با Studio Lab در رویدادهای آموزشی، مانند هکاتونها و کارگاهها استفاده کنید. با استفاده از این راه حل، دانشمندان و محققان می توانند به سرعت با هوش مصنوعی تصویر پزشکی آزمایش، همکاری و نوآوری کنند. اگر یک حساب AWS دارید و دامنه SageMaker Studio را راهاندازی کردهاید، میتوانید این نوتبوکها را نیز با استفاده از هسته پیشفرض Data Science Python (با ImJoy-jupyter-extension
نصب شده) هنگام انتخاب از a انواع نمونه های محاسباتی.
آزمایشگاه استودیو نیز ویژگی جدیدی را در AWS re:Invent 2022 راه اندازی کرد نوتبوکهای توسعهیافته در Studio Lab را بردارید و آنها را بهعنوان کارهای دستهای در یک برنامه زمانی تکرارشونده در حسابهای AWS خود اجرا کنید. بنابراین، میتوانید آزمایشهای ML خود را فراتر از محدودیتهای محاسباتی رایگان Studio Lab مقیاس دهید و از نمونههای محاسباتی قدرتمندتر با مجموعه دادههای بسیار بزرگتر در حسابهای AWS خود استفاده کنید.
اگر علاقه مند به کسب اطلاعات بیشتر در مورد اینکه چگونه AWS می تواند به سازمان مراقبت های بهداشتی یا علوم زندگی شما کمک کند، لطفاً با یک نماینده AWS. برای اطلاعات بیشتر در مورد MONAI و itkWidgets، لطفاً تماس بگیرید کیت ور. داده های جدید به طور مداوم به TCIA اضافه می شود و پیشنهادات و مشارکت های شما با بازدید از وب سایت TCIA.
مطالعه بیشتر
درباره نویسنده
استفان آیلوارد مدیر ارشد ابتکارات استراتژیک در کیتور، استاد کمکی کامپیوتر در دانشگاه کارولینای شمالی در چپل هیل، و یکی از اعضای انجمن MICCAI است. دکتر آیلوارد دفتر Kitware را در کارولینای شمالی تأسیس کرد، رهبر چندین طرح منبع باز بوده است و اکنون رئیس هیئت مشاوران MONAI است.
مت مک کورمیک، دکترا، یک مهندس ممتاز در Kitware است، جایی که او توسعه Insight Toolkit (ITK) را رهبری می کند، یک ابزار علمی تجزیه و تحلیل تصویر. او یک محقق اصلی و یک محقق مشترک چندین کمک هزینه تحقیقاتی از مؤسسه ملی بهداشت (NIH)، رهبری تعامل با آزمایشگاههای ملی ایالات متحده، و رهبری پروژههای تجاری مختلف ارائه نرمافزار پیشرفته برای دستگاههای پزشکی بوده است. دکتر مک کورمیک یک مدافع قوی برای نرم افزار منبع باز جامعه محور، علم باز و تحقیقات قابل تکرار است.
برایانا میجر یک مهندس تحقیق و توسعه در Kitware با علاقه به توسعه نرم افزارها و ابزارهای منبع باز است که برای جوامع پزشکی و علمی مفید خواهد بود.
Jاوستین کربی مدیر پروژه فنی در آزمایشگاه ملی تحقیقات سرطان فردریک (FNLCR) است. کار او بر روی روشهایی متمرکز است که امکان اشتراکگذاری دادهها را با حفظ حریم خصوصی بیمار برای بهبود تکرارپذیری و شفافیت در تحقیقات تصویربرداری سرطان فراهم میکند. تیم او آرشیو تصویربرداری سرطان (TCIA) را در سال 2010 تأسیس کرد که جامعه تحقیقاتی از آن برای انتشار بیش از 200 مجموعه داده مرتبط با نسخههای خطی، کمکهای مالی، رقابتهای چالشی و طرحهای تحقیقاتی مهم NCI استفاده کرده است. این مجموعه داده ها در بیش از 1,500 نشریه بررسی شده مورد بحث قرار گرفته اند.
گنگ فو یک معمار راه حل مراقبت های بهداشتی در AWS است. او دارای مدرک دکترای علوم دارویی از دانشگاه می سی سی پی است و بیش از ده سال تجربه در زمینه فناوری و تحقیقات زیست پزشکی دارد. او به فناوری و تأثیری که می تواند بر مراقبت های بهداشتی بگذارد علاقه دارد.
الکس لم مدیر توسعه تجارت برای تصویربرداری پزشکی در AWS است. الکس استراتژیهای ورود به بازار را با شرکای تصویربرداری تعریف و اجرا میکند و توسعه راهحلها را برای تسریع تحقیقات تصویربرداری پزشکی مبتنی بر هوش مصنوعی در فضای ابری هدایت میکند. او مشتاق ادغام چارچوب های متن باز ML با پشته AWS AI/ML است.
- محتوای مبتنی بر SEO و توزیع روابط عمومی. امروز تقویت شوید.
- پلاتوبلاک چین. Web3 Metaverse Intelligence. دانش تقویت شده دسترسی به اینجا.
- منبع: https://aws.amazon.com/blogs/machine-learning/share-medical-image-research-on-amazon-sagemaker-studio-lab-for-free/
- 1
- 100
- 2D
- 3d
- 77
- a
- قادر
- درباره ما
- شتاب دادن
- دسترسی
- در دسترس
- حساب
- حساب ها
- در میان
- اضافه
- نشانی
- پیشرفته
- مشاوره
- هیئت مشاوره
- مدافع
- پس از
- AI
- تحقیق ai
- AI / ML
- الکس
- الگوریتم
- معرفی
- اجازه دادن
- اجازه می دهد تا
- آمازون
- آمازون SageMaker
- Amazon SageMaker Studio
- Amazon SageMaker Studio Lab
- تحلیل
- و
- تایید کرد
- بایگانی
- در دسترس
- AWS
- AWS دوباره: اختراع
- اساس
- قبل از
- بودن
- سود
- خارج از
- بزرگتر
- بیومدیکال
- تخته
- به ارمغان بیاورد
- مرورگر
- ساختن
- کسب و کار
- توسعه تجاری
- سرطان
- تحقیقات سرطان
- قابلیت های
- حمل
- صندلی
- به چالش
- را انتخاب کنید
- ابر
- همکاری
- همکاری کرد
- COM
- ترکیب
- ترکیب
- تجاری
- مشترک
- ارتباط
- جوامع
- انجمن
- جامعه محور
- مسابقات
- کامل
- جامع
- محاسبه
- کامپیوتر
- همایش ها
- تکرار
- تماس
- ادامه دادن
- به طور مداوم
- مشارکت
- هسته
- گوشه
- هزینه
- پردازنده
- ایجاد
- ایجاد شده
- سفارشی
- داده ها
- علم اطلاعات
- به اشتراک گذاری داده ها
- مجموعه داده ها
- روز
- عمیق
- یادگیری عمیق
- به طور پیش فرض
- پیش فرض
- تعریف می کند
- نشان دادن
- توده مردم
- توسعه
- توسعه
- در حال توسعه
- پروژه
- دستگاه ها
- مدیر
- بحث کردیم
- صفحه نمایش
- برجسته
- دامنه
- آیا
- دانلود
- دانلود
- به آسانی
- پست الکترونیک
- قادر ساختن
- را قادر می سازد
- مهندس
- درجه سازمانی
- تمام
- محیط
- محیط
- ضروری است
- اتر (ETH)
- ارزیابی
- ارزیابی
- حتی
- حوادث
- هر کس
- مثال
- اجرا می کند
- تجربه
- تجربه
- کارشناس
- اکتشاف
- گسترش
- در مواجهه
- ویژگی
- ویژه
- امکانات
- همکار
- پرونده
- نام خانوادگی
- متمرکز شده است
- به دنبال
- به دنبال
- پیروی
- تاسیس
- چارچوب
- فردریک
- رایگان
- از جانب
- کاملا
- دریافت کنید
- GIF
- GitHub
- رفتن به بازار
- حکومت
- کمک های مالی
- هکاتون
- سلامتی
- بهداشت و درمان
- کمک
- دارای
- چگونه
- چگونه
- HTML
- HTTPS
- صدها نفر
- ICON
- ایده ها
- تصویر
- تجزیه و تحلیل تصویر
- تصاویر
- تصویربرداری
- تأثیر
- بهبود
- in
- شامل
- از جمله
- اطلاعات
- ابتکارات
- نوآوری
- بینش
- نصب
- نصب شده
- نمونه
- ادغام
- یکپارچه
- ادغام
- ادغام
- تعاملی
- علاقه مند
- موضوع
- IT
- شغل ها
- نوت بوک ژوپیتر
- جاستین
- نگاه داشتن
- کلید
- آزمایشگاه
- لابراتوار
- آخرین
- راه اندازی
- رهبر
- منجر می شود
- یادگیری
- رهبری
- کتابخانه ها
- زندگی
- علوم زندگی
- محدودیت
- محلی
- دستگاه
- فراگیری ماشین
- حفظ
- عمده
- ساخت
- مدیر
- پزشکی
- تجهیزات پزشکی
- تصویربرداری پزشکی
- اعضا
- فهرست
- روش
- حد اقل
- دقیقه
- می سی سی پی
- ML
- مدل
- مدل سازی
- مدل
- نظارت بر
- بیش
- MRI
- چندگانه
- ملی
- موسسه ملی بهداشت
- هدایت
- نیاز
- جدید
- ویژگی های جدید
- بعد
- NIH
- شمال
- کارولینای شمالی
- دفتر یادداشت
- نوت بوک
- اشیاء
- دفتر
- مداوم
- باز کن
- داده های باز
- منبع باز
- نرم افزار منبع باز
- باز
- باز می شود
- کدام سازمان ها
- دیگر
- دیگران
- خود
- شرکای
- شور
- احساساتی
- بیمار
- همکار
- انجام دادن
- دارویی
- انتخاب کنید
- افلاطون
- هوش داده افلاطون
- PlatoData
- لطفا
- پاپ آپ
- پست
- قوی
- ارایهها در همایشهای علمی
- ارائه شده
- اصلی
- خلوت
- فرآیندهای
- بهره وری
- ابزار بهره وری
- معلم
- پروژه
- پروژه ها
- فراهم می کند
- ارائه
- انتشارات
- منتشر کردن
- پــایتــون
- به سرعت
- RE
- اماده
- توصیه می شود
- مکرر
- ثبت نام
- مربوط
- دور
- برداشتن
- تفسیر
- مخزن
- درخواست
- ضروری
- تحقیق
- تحقیق و توسعه
- جامعه پژوهشی
- محققان
- منابع
- نتایج
- بررسی
- ریشه
- دویدن
- در حال اجرا
- حکیم ساز
- آزمایشگاه SageMaker Studio
- ذخیره
- مقیاس
- برنامه
- علم
- علوم
- دانشمندان
- جستجو
- دوم
- تیم امنیت لاتاری
- بخش
- بخش ها
- انتخاب
- ارشد
- جداگانه
- سلسله
- جلسات
- تنظیم
- چند
- اشتراک گذاری
- اشتراک
- نشان می دهد
- کوچکتر
- So
- جامعه
- نرم افزار
- راه حل
- مزایا
- حل
- منبع
- فضا
- پشته
- شروع
- آغاز شده
- ایالات
- گام
- استفان
- مراحل
- ذخیره سازی
- استراتژیک
- استراتژی ها
- قوی
- مطالعات
- استودیو
- موفقیت
- سیستم های
- گرفتن
- تیم
- تیم ها
- فنی
- فن آوری
- پیشرفته
- ده
- پایانه
- La
- شان
- از این رو
- سوم
- به طور کامل
- سه
- به
- با هم
- ابزار
- ابزار
- بالا
- قطار
- آموزش
- شفافیت
- آموزش
- آموزش
- متحد
- ایالات متحده
- دانشگاه
- استفاده کنید
- کاربر پسند
- مختلف
- بررسی
- نسخه
- از طريق
- قابل رویت
- تجسم
- تجسم
- حجم
- جلد
- مبتنی بر وب
- خوش آمد
- که
- در حین
- اراده
- بدون
- مهاجرت کاری
- مشغول به کار
- گردش کار
- کارگر
- کارگاه های آموزشی
- سال
- شما
- زفیرنت
- ZOO