Full-lengde enkelt-molekyl protein fingeravtrykk - Nature Nanotechnology

Full-lengde enkelt-molekyl protein fingeravtrykk – Nature Nanotechnology

Tidsstempel: 13. februar 2024 7:00
Kilde node: 2481342

  • Aebersold, R. et al. Hvor mange menneskelige proteoformer er det? Nat. Chem. Biol. 14, 206-214 (2018).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Kim, HK, Pham, MHC, Ko, KS, Rhee, BD & Han, J. Alternative spleiseisoformer innen helse og sykdom. Pflügers Arch. 470, 995-1016 (2018).

  • Paronetto, MP, Passacantilli, I. & Sette, C. Alternativ spleising og celleoverlevelse: fra vevshomeostase til sykdom. Celledød forskjellig. 23, 1919-1929 (2016).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Lin, H. & Caroll, KS Introduksjon: posttranslasjonell proteinmodifikasjon. Chem. Rev. 118, 887-888 (2018).

    Artikkel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Carbonara, K., Andonovski, M. & Coorssen, JR Proteomer er av proteoformer: omfavner kompleksiteten. Proteomer 9, 38 (2021).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Benson, MD, Ngo, D., Ganz, P. & Gerszten, RE Nye affinitetsreagenser for proteomikk med høy gjennomstrømning: stol på, men verifiser. Sirkulasjon 140, 1610-1612 (2019).

    Artikkel  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Yang, Y. et al. Hybrid massespektrometri tilnærminger i glykoproteinanalyse og deres bruk for å score biosimilaritet. Nat. Commun. 7, 13397 (2016).

    Artikkel  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Čaval, T., Tian, ​​W., Yang, Z., Clausen, H. & Heck, AJR Direkte kvalitetskontroll av glykokonstruerte erytropoietinvarianter. Nat. Commun. 9, 3342 (2018).

    Artikkel  ADS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Siuti, N. & Kelleher, NL Dekoding av proteinmodifikasjoner ved hjelp av top-down massespektrometri. Nat. metoder 410, 817-821 (2007).

    Artikkel  Google Scholar 

  • Wang, Y., Zhao, Y., Bollas, A., Wang, Y. & Au, KF Nanopore sekvenseringsteknologi, bioinformatikk og applikasjoner. Nat. Bioteknologi. 39, 1348-1365 (2021).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Ardui, S., Ameur, A., Vermeesch, JR & Hestand, MS Enkeltmolekylsanntidssekvensering (SMRT) blir myndig: applikasjoner og verktøy for medisinsk diagnostikk. Nucleic Acids Res. 46, 2159-2168 (2018).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Restrepo-Pérez, L., Joo, C. & Dekker, C. Baner vei for enkeltmolekylproteinsekvensering. Nat. Nanoteknologi. 13, 786-796 (2018).

    Artikkel  ADS  PubMed  Google Scholar 

  • Alfaro, JA et al. Det fremvoksende landskapet av enkeltmolekylære proteinsekvenseringsteknologier. Nat. metoder 18, 604-617 (2021).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Floyd, BM & Marcotte, EM Proteinsekvensering, ett molekyl om gangen. Annu. Pastor Biophys. 51, 181-200 (2022).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Timp, W. & Timp, G. Utover massespektrometri, neste trinn i proteomikk. Sci. Adv. 6, eaax8978 (2020).

    Artikkel  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Swaminathan, J., Boulgakov, AA & Marcotte, EM En teoretisk begrunnelse for enkeltmolekyl-peptidsekvensering. PLoS Comput. Biol. 11, e1004080 (2015).

    Artikkel  ADS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Rodriques, SG, Marblestone, AH & Boyden, ES En teoretisk analyse av enkeltmolekylproteinsekvensering via svake bindingsspektra. PLoS ONE 14, e0212868 (2019).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Yao, Y., Docter, M., Van Ginkel, J., De Ridder, D. & Joo, C. Enkeltmolekylproteinsekvensering gjennom fingeravtrykk: beregningsmessig vurdering. Phys. Biol. 12, 10-16 (2015).

    Artikkel  Google Scholar 

  • de Lannoy, CV et al. Evaluering av FRET X for fingeravtrykk av enkeltmolekyler. iScience 24, 103239 (2021).

    Artikkel  ADS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Yu, L. et al. Enveis enkelt-fil transport av full-lengde proteiner gjennom en nanopore. Nat. Bioteknologi. 41, 1130-1139 (2023).

  • van Ginkel, J. et al. Enkeltmolekyl peptid fingeravtrykk. Proc. Natl Acad. Sci. USA 115, 3338-3343 (2018).

  • Swaminathan, J. et al. Svært parallell enkeltmolekylidentifikasjon av proteiner i blandinger i zeptomolskala. Nat. Bioteknologi. 36, 1076-1082 (2018).

    Artikkel  CAS  Google Scholar 

  • Shrestha, P. et al. Enkeltmolekyls mekanisk fingeravtrykk med DNA nanobryter-kalipere. Nat. Nanoteknologi. 16, 1362-1370 (2021).

  • Filius, M., Kim, SH, Severins, I. & Joo, C. Høyoppløselig enkeltmolekyl FRET via DNA-utveksling (FRET X). Nano Lett. 21, 3295-3301 (2021).

    Artikkel  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Filius, M., van Wee, R. & Joo, C. in Enkeltmolekylanalyse: Metoder og protokoller (red Heller, I. et al.) 203–213 (Springer, 2024).

  • Van Wee, R., Filius, M. & Joo, C. Fullføre lerretet: fremskritt og utfordringer for DNA-PAINT superoppløsningsbildebehandling. Trender Biochem. Sci. 11, 918-930 (2021).

    Google Scholar 

  • Schnitzbauer, J., Strauss, MT, Schlichthaerle, T., Schueder, F. & Jungmann, R. Superoppløsningsmikroskopi med DNA-MALING. Nat. Protoc. 12, 1198-1228 (2017).

    Artikkel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Shi, X. et al. Kvantitativ fluorescensmerking av aldehydmerkede proteiner for enkeltmolekylavbildning. Nat. metoder 9, 499-503 (2012).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Schuler, B. & Hofmann, H. Enkeltmolekylspektroskopi av proteinfoldingsdynamikk – utvider omfang og tidsskalaer. Curr. Opin. Struktur. Biol. 23, 36-47 (2013).

    Artikkel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Yang, X. & Qian, K. Protein O-GlcNAcylering: nye mekanismer og funksjoner. Nat. Pastor Mol. Cell Biol. 18, 452-465 (2017).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Vellosillo, P. & Minguez, P. Et globalt kart over assosiasjoner mellom typer proteinposttranslasjonelle modifikasjoner og menneskelige genetiske sykdommer. iScience 24, 102917 (2021).

    Artikkel  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Mauri, T. et al. O-GlcNAcyleringsprediksjon: et uoppnådd mål. Adv. Appl. Bioinform. Chem. 14, 87-102 (2021).

  • Shi, J., Ruijtenbeek, R. & Pieters, RJ Demystifying O-GlcNAcylering: hint fra peptidsubstrater. Glykobiologi 28, 814-824 (2018).

    Artikkel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Shen, DL et al. Katalytisk promiskuitet av O-GlcNAc-transferase muliggjør uventet metabolsk utvikling av cytoplasmatiske proteiner med 2-azido-2-deoksy-glukose. ACS Chem. Biol. 12, 206-213 (2017).

    Artikkel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Mayer, A., Gloster, TM, Chou, WK, Vocadlo, DJ & Tanner, ME 6′-Azido-6′-deoxy-UDP-N-acetylglukosamin som et glykosyltransferasesubstrat. Bioorg. Med. Chem. Lett. 21, 1199-1201 (2011).

    Artikkel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Macdonald, JI, Munch, HK, Moore, T. & Francis, MB Ett-trinns stedsspesifikk modifikasjon av native proteiner med 2-pyridinkarboksyaldehyder. Nat. Chem. Biol. 11, 326-331 (2015).

    Artikkel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Wang, S. et al. S100A8/A9 ved betennelse. Front. Immunol. 9, 1298 (2018).

    Artikkel  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Vijayan, AL et al. Procalcitonin: en lovende diagnostisk markør for sepsis og antibiotikabehandling. J. Intensivbehandling 5, 51 (2017).

    Artikkel  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Senior, AW et al. Forbedret proteinstrukturprediksjon ved bruk av potensialer fra dyp læring. Natur 577, 706-710 (2020).

    Artikkel  ADS  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Jumper, J. et al. Svært nøyaktig prediksjon av proteinstruktur med AlphaFold. Natur 596, 583-589 (2021).

    Artikkel  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Jungmann, R. et al. Multipleks 3D cellulær superoppløsningsavbildning med DNA-PAINT og Exchange-PAINT. Nat. metoder 11, 313-318 (2014).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Erickson, HP Størrelse og form av proteinmolekyler på nanometernivå bestemt ved sedimentering, gelfiltrering og elektronmikroskopi. Biol. Fortsatt. på nett 11, 32-51 (2009).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Ree, R., Varland, S. & Arnesen, T. Spotlight on protein N-terminal acetylation. Exp. Mol. Med. 50, 1-13 (2018).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Bloom, S. et al. Dekarboksylativ alkylering for stedselektiv biokonjugering av native proteiner via oksidasjonspotensialer. Nat. Chem. 10, 205-211 (2018).

    Artikkel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Ramirez, DH et al. Engineering en nærhetsrettet O-GlcNAc-transferase for selektivt protein O-GlcNAcylering i celler. ACS Chem. Biol. 15, 1059-1066 (2020).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Yang, Y.-Y., Ascano, JM & Hang, HC Bioortogonale kjemiske reportere for overvåking av proteinacetylering. J. Am. Chem. Soc. 132, 3640-3641 (2010).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Westcott, NP, Fernandez, JP, Molina, H. & Hang, HC Kjemisk proteomikk avslører ADP-ribosylering av små GTPaser under oksidativt stress. Nat. Chem. Biol. 13, 302-308 (2017).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Rabuka, D., Hubbard, SC, Laughlin, ST, Argade, SP & Bertozzi, CR En kjemisk reporterstrategi for å undersøke glykoproteinfukosylering. J. Am. Chem. Soc. 128, 12078-12079 (2006).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Boeggeman, E. et al. Direkte identifikasjon av ikke-reduserende GlcNAc-rester på N-glykaner av glykoproteiner ved bruk av en ny kjemoenzymatisk metode. Biokonjugat Chem. 18, 806-814 (2007).

    Artikkel  CAS  Google Scholar 

  • van Geel, R. et al. Kjemoenzymatisk konjugering av giftige nyttelaster til de globalt konserverte N-glykan av native mAbs gir homogene og svært effektive antistoff-medikamentkonjugater. Biokonjugat Chem. 26, 2233-2242 (2015).

    Artikkel  Google Scholar 

  • Tate, EW, Kalesh, KA, Lanyon-Hogg, T., Storck, EM & Thinon, E. Global profilering av proteinlipidering ved bruk av kjemiske proteomiske teknologier. Curr. Opin. Chem. Biol. 24, 48-57 (2015).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Anderson, NL & Anderson, NG Det menneskelige plasmaproteomet: historie, karakter og diagnostiske utsikter. Mol. Celle. Proteom. 1, 845-867 (2002).

    Artikkel  CAS  Google Scholar 

  • Han, X., Aslanian, A. & Yates, JR Massespektrometri for proteomikk. Curr. Opin. Chem. Biol. 12, 483-490 (2008).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Filius, M. et al. Høyhastighets superoppløsningsavbildning ved bruk av proteinassistert DNA-PAINT. Nano Lett. 20, 2264-2270 (2020).

    Artikkel  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Kim, SH, Kim, H., Jeong, H. & Yoon, TY Koding av flere virtuelle signaler i DNA-strekkoder med enkelt-molekyl FRET. Nano Lett. 21, 1694-1701 (2021).

    Artikkel  ADS  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • McCann, JJ, Choi, UB, Zheng, L., Weninger, K. & Bowen, ME Optimaliseringsmetoder for å gjenvinne absolutt FRET-effektivitet fra immobiliserte enkeltmolekyler. Biophys. J. 99, 961-970 (2010).

    Artikkel  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Cristianini, N. & Shawe-Taylor, J. En introduksjon til støtte for vektormaskiner og andre kjernebaserte læringsmetoder (Cambridge University Press, 2000).

  • Pedregosa, F. et al. Scikit-learn: maskinlæring i Python. J. Mach. Lære. Res. 12, 2825-2830 (2011).

    MathSciNet  Google Scholar 

  • Pabst, M. et al. En generell tilnærming for å utforske prokaryot proteinglykosylering avslører den unike overflatelagmodulasjonen til en anammox-bakterie. ISME J. 16, 346-357 (2022).

    Artikkel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Chuh, KN, Zaro, BW, Piller, F., Piller, V. & Pratt, MR Endringer i metabolsk kjemisk reporterstruktur gir en selektiv sonde av O-GlcNAc modifikasjon. J. Am. Chem. Soc. 136, 12283-12295 (2014).

    Artikkel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

    • Tidstempel:

    Mer fra Natur Nanoteknologi