To objavo so napisali skupaj s Stephenom Aylwardom, Mattom McCormickom, Brianno Major iz Kitware in Justinom Kirbyjem iz Frederickovega nacionalnega laboratorija za raziskave raka (FNLCR).
Amazon SageMaker Studio Lab zagotavlja brezplačni dostop v razvojno okolje strojnega učenja (ML) vsem, ki imajo e-poštni naslov. Tako kot popolnoma opremljen Amazon SageMaker Studio, Studio Lab vam omogoča, da prilagodite svoje Conda okolje in ustvarite CPE- in GPE-razširljivo Prenosniki JupyterLab različice 3, z enostavnim dostopom do najnovejših orodij za produktivnost podatkovne znanosti in odprtokodnih knjižnic. Poleg tega vključujejo brezplačne račune Studio Lab najmanj 15 GB trajnega pomnilnika, ki vam omogoča, da nenehno vzdržujete in širite svoje projekte v več sejah in vam omogoča, da takoj nadaljujete tam, kjer ste končali, in celo delite svoje tekoče delo in delovna okolja z drugimi.
Ključno vprašanje, s katerim se sooča skupnost medicinskih podob, je, kako omogočiti raziskovalcem eksperimentiranje in raziskovanje s temi osnovnimi orodji. Da bi rešili ta izziv, so sodelovale ekipe AWS Kuhinjski pribor in Nacionalni laboratorij Frederick za raziskave raka (FNLCR) združiti tri glavne vire umetne inteligence za medicinsko slikanje za Studio Lab in celotno odprtokodno skupnost JupyterLab:
Ta orodja in podatki skupaj omogočajo raziskovalcem umetne inteligence za medicinsko slikanje, da hitro razvijejo in temeljito ovrednotijo klinično pripravljene algoritme globokega učenja v celovitem in uporabniku prijaznem okolju. Člani skupine iz FNLCR in Kitware so sodelovali pri ustvarjanju serije prenosnikov Jupyter, ki prikazujejo skupne poteke dela za programski dostop in vizualizacijo podatkov TCIA. Ti prenosniki uporabljajo Studio Lab, da raziskovalcem omogočijo zagon prenosnikov, ne da bi morali vzpostaviti lastno lokalno razvojno okolje Jupyter – hitro lahko raziščete nove zamisli ali svoje delo vključite v predstavitve, delavnice in vadnice na konferencah.
Naslednji primer ponazarja Studio Lab, ki izvaja prenosni računalnik Jupyter, ki prenaša podatke TCIA MRI prostate, jih segmentira z uporabo MONAI in prikaže rezultate z uporabo itkWidgets.
Čeprav lahko brez težav izvajate manjše poskuse in predstavitve z vzorčnimi zvezki, predstavljenimi v tej objavi v Studio Labu, je priporočljivo, da uporabite Amazon SageMaker Studio ko trenirate lastne modele medicinskih slik v velikem obsegu. Amazon SageMaker Studio je integrirano spletno razvojno okolje (IDE) s funkcijami varnosti, upravljanja in nadzora na ravni podjetja, iz katerega lahko dostopate do namensko izdelanih orodij za izvajanje vseh razvojnih korakov ML. Odprtokodne knjižnice, kot sta MONAI Core in itkWidgets, delujejo tudi v Amazon SageMaker Studio.
Namestite rešitev
Če želite zagnati prenosnike TCIA v Studio Lab, morate registrirati račun s svojim e-poštnim naslovom na Spletna stran Studio Lab. Odobritev zahtevkov za račune lahko traja 1–3 dni.
Po tem lahko sledite korakom namestitve, da začnete:
- Prijavite se v Studio Lab in zaženite CPE runtime.
- V ločenem zavihku se pomaknite do Prenosniki TCIA GitHub repo in izberite zvezek v korenski mapi repozitorija.
- Izberite Odprite Studio Lab da odprete zvezek v Studio Labu.
- Nazaj v Studio Lab izberite Kopiraj v projekt.
- V novem pojavnem oknu JupyterLab, ki se odpre, izberite Kloniraj celoten repo.
- V naslednjem oknu obdržite privzete nastavitve in izberite Clone.
- Izberite OK ko boste pozvani, da potrdite gradnjo novega okolja Conda (
medical-image-ai
).
Gradnja okolja Conda bo trajala do 5 minut. - V terminalu, ki se je odprl v prejšnjem koraku, zaženite naslednji ukaz za namestitev NodeJS v
studiolab
Conda okolje, ki je potrebno za namestitev razširitve ImJoy JupyterLab 3:conda install -y -c conda-forge nodejs
Zdaj namestimo razširitev ImJoy Jupyter z uporabo Studio Lab Extension Manager, da omogočimo interaktivne vizualizacije. Razširitev Imjoy omogoča itkWidgets in drugim podatkovno intenzivnim procesom, da komunicirajo z lokalnimi in oddaljenimi okolji Jupyter, vključno z prenosniki Jupyter, JupyterLab, Studio Lab itd. - V upravitelju razširitev poiščite »imjoy« in izberite namestitev.
- Ob pozivu potrdite ponovno izgradnjo jedra.
- Izberite Shrani in ponovno naloži ko je gradnja končana.
Po namestitvi razširitve ImJoy boste lahko videli ikono ImJoy v zgornjem meniju svojih prenosnikov.
Če želite to preveriti, se pomaknite do brskalnika datotek in izberite TCIA_Image_Visualalization_with_itkWidgets
zvezek in izberite medical-image-ai
jedro za zagon.
Ikona ImJoy bo vidna v zgornjem levem kotu menija prenosnika.
S temi namestitvenimi koraki ste uspešno namestili medical-image-ai
Jedro Python in razširitev ImJoy kot predpogoj za izvajanje prenosnikov TCIA skupaj z itkWidgets v Studio Labu.
Preizkusite raztopino
Ustvarili smo komplet zvezkov in vadnico, ki prikazuje integracijo teh tehnologij AI v Studio Lab. Prepričajte se, da izberete medical-image-ai
Jedro Python pri izvajanju prenosnih računalnikov TCIA v Studio Lab.
Prvi prenosni računalnik SageMaker prikazuje, kako prenesti slike DICOM iz TCIA in vizualizirati te slike z uporabo zmogljivosti kinematografskega volumskega upodabljanja itkWidgets.
Drugi zvezek prikazuje, kako je mogoče strokovne opombe, ki so na voljo za stotine študij o TCIA, prenesti kot objekte DICOM SEG in RTSTRUCT, vizualizirati v 3D ali kot prekrivke na 2D rezinah ter uporabiti za usposabljanje in vrednotenje sistemov za globoko učenje.
Tretji zvezek prikazuje, kako je mogoče vnaprej usposobljene modele globokega učenja MONAI, ki so na voljo v modelnem živalskem vrtu MONAI, prenesti in uporabiti za segmentiranje volumnov TCIA (ali vaših lastnih) DICOM MRI prostate.
Izberite Odprite Studio Lab v teh in drugih zvezkih JupyterLab za zagon teh zvezkov v prosto dostopnem okolju Studio Lab.
Čiščenje
Ko ste sledili korakom namestitve v tej objavi in ustvarili medical-image-ai
okolje Conda, ga boste morda želeli izbrisati, da prihranite prostor za shranjevanje. Če želite to narediti, uporabite naslednji ukaz:
conda remove --name medical-image-ai --all
Razširitev ImJoy lahko tudi odstranite prek upravitelja razširitev. Zavedajte se, da boste morali znova ustvariti okolje Conda in znova namestiti razširitev ImJoy, če želite pozneje nadaljevati delo z zvezki TCIA v svojem računu Studio Lab.
Zaprite zavihek in ne pozabite izbrati Ustavi Runtime na strani projekta Studio Lab.
zaključek
SageMaker Studio Lab je brezplačno dostopen raziskovalnim skupnostim medicinske slike AI in se lahko uporablja za modeliranje medicinske slike AI in interaktivno vizualizacijo medicinske slike v kombinaciji z MONAI in itkWidgets. Odprte podatke TCIA in vzorčne zvezke lahko uporabljate s Studio Lab na izobraževalnih dogodkih, kot so hekatoni in delavnice. S to rešitvijo lahko znanstveniki in raziskovalci hitro eksperimentirajo, sodelujejo in uvajajo inovacije z umetno inteligenco medicinske slike. Če imate račun AWS in ste nastavili domeno SageMaker Studio, lahko te zvezke izvajate tudi v Studiu s privzetim jedrom Data Science Python (z ImJoy-jupyter-extension
nameščen), medtem ko izbirate med a različne vrste računalniških primerkov.
Tudi Studio Lab predstavil novo funkcijo na AWS re:Invent 2022 da vzamete zvezke, razvite v Studio Labu, in jih izvajate kot paketna opravila po ponavljajočem se urniku v vaših računih AWS. Zato lahko razširite svoje eksperimente ML prek omejitev brezplačnega računanja Studio Lab in uporabite zmogljivejše računalniške instance z veliko večjimi nabori podatkov v svojih računih AWS.
Če vas zanima več o tem, kako lahko AWS pomaga vaši zdravstveni ali življenjski znanstveni organizaciji, se obrnite na Predstavnik AWS. Za več informacij o MONAI in itkWidgets se obrnite na Kuhinjski pribor. V TCIA se nenehno dodajajo novi podatki, vaši predlogi in prispevki pa so dobrodošli, če obiščete Spletna stran TCIA.
Nadaljnje branje
O avtorjih
Stephen Aylward je višji direktor strateških pobud pri Kitware, izredni profesor računalništva na Univerzi Severne Karoline v Chapel Hillu in član društva MICCAI. Dr. Aylward je ustanovil pisarno podjetja Kitware v Severni Karolini, bil je vodja več odprtokodnih pobud in je zdaj predsednik svetovalnega odbora MONAI.
Matt McCormick, PhD, je ugledni inženir pri Kitware, kjer vodi razvoj kompleta orodij Insight Toolkit (ITK), kompleta orodij za znanstveno analizo slik. Bil je glavni raziskovalec in soraziskovalec več raziskovalnih štipendij Nacionalnega inštituta za zdravje (NIH), vodil je sodelovanje z nacionalnimi laboratoriji Združenih držav in vodil različne komercialne projekte, ki zagotavljajo napredno programsko opremo za medicinske pripomočke. Dr. McCormick je močan zagovornik odprtokodne programske opreme, ki jo vodi skupnost, odprte znanosti in ponovljivih raziskav.
Brianna Major je raziskovalni in razvojni inženir pri Kitware s strastjo do razvoja odprtokodne programske opreme in orodij, ki bodo koristila medicinski in znanstveni skupnosti.
Justin Kirby je tehnični vodja projektov pri Frederick National Laboratory for Cancer Research (FNLCR). Njegovo delo je osredotočeno na metode za omogočanje izmenjave podatkov ob ohranjanju zasebnosti bolnikov za izboljšanje ponovljivosti in preglednosti pri raziskavah slikanja raka. Njegova ekipa je leta 2010 ustanovila The Cancer Imaging Archive (TCIA), ki ga je raziskovalna skupnost izkoristila za objavo več kot 200 naborov podatkov, povezanih z rokopisi, štipendijami, tekmovanji izzivov in glavnimi raziskovalnimi pobudami NCI. Ti nabori podatkov so bili obravnavani v več kot 1,500 strokovno pregledanih publikacijah.
Gang Fu je arhitekt zdravstvenih rešitev pri AWS. Ima doktorat iz farmacevtskih znanosti na Univerzi Mississippi in ima več kot deset let izkušenj s tehnologijo in biomedicinskimi raziskavami. Navdušen je nad tehnologijo in vplivom, ki ga lahko ima na zdravstveno varstvo.
Alex Lemm je vodja poslovnega razvoja za medicinsko slikanje pri AWS. Alex definira in izvaja strategije trženja s partnerji za slikanje in spodbuja razvoj rešitev za pospeševanje raziskav medicinskega slikanja v oblaku, ki temeljijo na AI/ML. Navdušen je nad integracijo odprtokodnih ogrodij ML s skladom AWS AI/ML.
- Distribucija vsebine in PR s pomočjo SEO. Okrepite se še danes.
- Platoblockchain. Web3 Metaverse Intelligence. Razširjeno znanje. Dostopite tukaj.
- vir: https://aws.amazon.com/blogs/machine-learning/share-medical-image-research-on-amazon-sagemaker-studio-lab-for-free/
- 1
- 100
- 2D
- 3d
- 77
- a
- Sposobna
- O meni
- pospeši
- dostop
- dostopen
- Račun
- računi
- čez
- dodano
- Naslov
- napredno
- svetovanje
- Svetovalni odbor
- zagovornik
- po
- AI
- ai raziskave
- AI / ML
- alex
- algoritmi
- vsi
- Dovoli
- omogoča
- Amazon
- Amazon SageMaker
- Amazon SageMaker Studio
- Amazon SageMaker Studio Lab
- Analiza
- in
- odobren
- Arhiv
- Na voljo
- AWS
- AWS re: Izum
- Osnova
- pred
- počutje
- koristi
- Poleg
- večji
- biomedicina
- svet
- prinašajo
- brskalnik
- izgradnjo
- poslovni
- poslovni razvoj
- rak
- raziskave raka
- Zmogljivosti
- opravlja
- Stol
- izziv
- Izberite
- Cloud
- sodelovati
- sodeloval
- COM
- kombinacija
- združujejo
- komercialna
- Skupno
- komunicirajo
- skupnosti
- skupnost
- Poganja skupnost
- Tekmovanja
- dokončanje
- celovito
- Izračunajte
- računalnik
- konference
- Potrdi
- kontakt
- naprej
- stalno
- prispevkov
- Core
- Kotiček
- strošek
- CPU
- ustvarjajo
- ustvaril
- prilagodite
- datum
- znanost o podatkih
- izmenjavo podatkov
- nabor podatkov
- Dnevi
- globoko
- globoko učenje
- privzeto
- privzeto
- Določa
- izkazati
- Predstavitve
- Razvoj
- razvili
- razvoju
- Razvoj
- naprave
- Direktor
- razpravljali
- prikazovalniki
- Razločen
- domena
- dont
- prenesi
- prenosov
- enostavno
- E-naslov
- omogočajo
- omogočanje
- inženir
- podjetniškega razreda
- Celotna
- okolje
- okolja
- bistvena
- Eter (ETH)
- oceniti
- Ocena
- Tudi
- dogodki
- vsi
- Primer
- Izvaja
- izkušnje
- poskus
- strokovnjak
- raziskuje
- razširitev
- soočen
- Feature
- izrazit
- Lastnosti
- kolega
- file
- prva
- osredotočena
- sledi
- sledili
- po
- Ustanovljeno
- okviri
- Frederick
- brezplačno
- iz
- v celoti
- dobili
- gif
- GitHub
- Pojdi na trg
- upravljanje
- nepovratna sredstva
- Hackatoni
- Zdravje
- zdravstveno varstvo
- pomoč
- drži
- Kako
- Kako
- HTML
- HTTPS
- Stotine
- ICON
- Ideje
- slika
- analiza slike
- slike
- slikanje
- vpliv
- izboljšanje
- in
- vključujejo
- Vključno
- Podatki
- pobud
- inovacije
- vpogled
- namestitev
- nameščen
- primer
- integrirati
- integrirana
- Povezovanje
- integracija
- interaktivno
- zainteresirani
- vprašanje
- IT
- Delovna mesta
- Jupyter Notebook
- Justin
- Imejte
- Ključne
- lab
- Laboratorij
- Zadnji
- kosilo
- Vodja
- Interesenti
- učenje
- Led
- knjižnice
- življenje
- Life Sciences
- omejitve
- lokalna
- stroj
- strojno učenje
- vzdrževati
- velika
- Znamka
- upravitelj
- medicinski
- medicinske naprave
- medicinsko slikanje
- člani
- Meni
- Metode
- minimalna
- min
- Mississippi
- ML
- Model
- modeliranje
- modeli
- spremljanje
- več
- MRI
- več
- nacionalni
- National Institutes of Health
- Krmarjenje
- Nimate
- Novo
- nova funkcija
- Naslednja
- NIH
- sever
- severna carolina
- prenosnik
- zvezki
- predmeti
- Office
- v teku
- odprite
- Odpri podatki
- open source
- Odprtokodna programska oprema
- odprt
- Odpre
- Organizacija
- Ostalo
- drugi
- lastne
- partnerji
- strast
- strastno
- Bolnik
- peer
- opravlja
- Farmacevtska
- kramp
- platon
- Platonova podatkovna inteligenca
- PlatoData
- prosim
- pop-up
- Prispevek
- močan
- Predstavitve
- predstavljeni
- , ravnateljica
- zasebnost
- Procesi
- produktivnost
- Orodja za produktivnost
- Učitelj
- Projekt
- projekti
- zagotavlja
- zagotavljanje
- publikacije
- objavijo
- Python
- hitro
- RE
- pripravljen
- priporočeno
- ponavljajoče se
- Registracija
- povezane
- daljinsko
- odstrani
- upodabljanje
- Skladišče
- zahteva
- obvezna
- Raziskave
- raziskave in razvoj
- raziskovalna skupnost
- raziskovalci
- viri
- Rezultati
- Pregledal
- koren
- Run
- tek
- sagemaker
- SageMaker Studio Lab
- Shrani
- Lestvica
- urnik
- Znanost
- ZNANOSTI
- Znanstveniki
- Iskalnik
- drugi
- varnost
- Segment
- segmentih
- izbiranje
- višji
- ločena
- Serija
- sej
- nastavite
- več
- Delite s prijatelji, znanci, družino in partnerji :-)
- delitev
- Razstave
- manj
- So
- Društvo
- Software
- Rešitev
- rešitve
- SOLVE
- vir
- Vesolje
- sveženj
- Začetek
- začel
- Države
- Korak
- Stephen
- Koraki
- shranjevanje
- Strateško
- strategije
- močna
- Študije
- studio
- Uspešno
- sistemi
- Bodite
- skupina
- Skupine
- tehnični
- Tehnologije
- Tehnologija
- deset
- terminal
- O
- njihove
- zato
- tretja
- temeljito
- 3
- do
- skupaj
- Orodje
- orodja
- vrh
- Vlak
- usposabljanje
- Preglednost
- Navodila
- vaje
- Velika
- Združene države Amerike
- univerza
- uporaba
- Uporabniku prijazen
- različnih
- preverjanje
- različica
- preko
- vidna
- vizualizacija
- vizualizirati
- Obseg
- prostornine
- Web-Based
- dobrodošli
- ki
- medtem
- bo
- brez
- delo
- delal
- delovnih tokov
- deluje
- Delavnice
- let
- Vaša rutina za
- zefirnet
- ZOO