Bài đăng này được đồng viết với Stephen Aylward, Matt McCormick, Brianna Major từ Kitware và Justin Kirby từ Phòng thí nghiệm Nghiên cứu Ung thư Quốc gia Frederick (FNLCR).
Phòng thí nghiệm Amazon SageMaker Studio cung cấp truy cập miễn phí đến môi trường phát triển máy học (ML) cho mọi người có địa chỉ email. Giống như Amazon SageMaker Studio đầy đủ tính năng, Studio Lab cho phép bạn tùy chỉnh của riêng bạn Môi trường Conda và tạo khả năng mở rộng CPU và GPU Máy tính xách tay JupyterLab phiên bản 3, với khả năng truy cập dễ dàng vào các công cụ năng suất khoa học dữ liệu mới nhất và thư viện nguồn mở. Hơn nữa, các tài khoản miễn phí của Studio Lab bao gồm tối thiểu 15 GB dung lượng lưu trữ liên tục, cho phép bạn liên tục duy trì và mở rộng các dự án của mình qua nhiều phiên, đồng thời cho phép bạn tiếp tục ngay lập tức từ nơi bạn đã dừng lại và thậm chí chia sẻ môi trường làm việc và công việc đang diễn ra của bạn với những người khác.
Một vấn đề quan trọng mà cộng đồng hình ảnh y tế phải đối mặt là làm thế nào để cho phép các nhà nghiên cứu thử nghiệm và khám phá bằng những công cụ thiết yếu này. Để giải quyết thách thức này, các nhóm AWS đã làm việc với Bộ dụng cụ và Phòng thí nghiệm Nghiên cứu Ung thư Quốc gia Frederick (FNLCR) để tập hợp ba tài nguyên AI hình ảnh y tế chính cho Studio Lab và toàn bộ cộng đồng JupyterLab mã nguồn mở:
Các công cụ và dữ liệu này kết hợp để cho phép các nhà nghiên cứu AI hình ảnh y tế nhanh chóng phát triển và đánh giá kỹ lưỡng các thuật toán học sâu sẵn sàng cho lâm sàng trong một môi trường toàn diện và thân thiện với người dùng. Các thành viên trong nhóm từ FNLCR và Kitware đã hợp tác để tạo ra một loạt sổ ghi chép Jupyter thể hiện các quy trình công việc phổ biến để truy cập và trực quan hóa dữ liệu TCIA theo chương trình. Những sổ ghi chép này sử dụng Studio Lab để cho phép các nhà nghiên cứu chạy sổ ghi chép mà không cần thiết lập môi trường phát triển Jupyter cục bộ của riêng họ—bạn có thể nhanh chóng khám phá những ý tưởng mới hoặc tích hợp công việc của mình vào các bài thuyết trình, hội thảo và hướng dẫn tại hội nghị.
Ví dụ sau đây minh họa Studio Lab đang chạy sổ ghi chép Jupyter tải xuống dữ liệu chụp cộng hưởng từ tuyến tiền liệt TCIA, phân đoạn dữ liệu đó bằng cách sử dụng MONAI và hiển thị kết quả bằng cách sử dụng itkWidgets.
Mặc dù bạn có thể dễ dàng thực hiện các thử nghiệm và trình diễn nhỏ hơn với sổ ghi chép mẫu được trình bày miễn phí trong bài đăng này trên Studio Lab, nhưng bạn nên sử dụng Xưởng sản xuất Amazon SageMaker khi bạn đào tạo các mô hình hình ảnh y tế của riêng mình trên quy mô lớn. Amazon SageMaker Studio là một môi trường phát triển (IDE) dựa trên web tích hợp với các tính năng giám sát, quản trị và bảo mật cấp doanh nghiệp mà từ đó bạn có thể truy cập các công cụ chuyên dụng để thực hiện tất cả các bước phát triển ML. Các thư viện nguồn mở như MONAI Core và itkWidgets cũng chạy trên Amazon SageMaker Studio.
Cài đặt giải pháp
Để chạy sổ ghi chép TCIA trên Studio Lab, bạn cần đăng ký tài khoản bằng địa chỉ email của mình trên Trang web phòng thí nghiệm phòng thu. Yêu cầu tài khoản có thể mất 1-3 ngày để được phê duyệt.
Sau đó, bạn có thể làm theo các bước cài đặt để bắt đầu:
- Đăng nhập vào Studio Lab và bắt đầu thời gian chạy CPU.
- Trong một tab riêng biệt, điều hướng đến Sổ ghi chép TCIA Kho lưu trữ GitHub và chọn một sổ ghi chép trong thư mục gốc của kho lưu trữ.
- Chọn Phòng thí nghiệm phòng thu mở để mở sổ tay trong Studio Lab.
- Quay lại Studio Lab, chọn Sao chép vào dự án.
- Trong cửa sổ bật lên JupyterLab mới mở ra, hãy chọn Sao chép toàn bộ Repo.
- Trong cửa sổ tiếp theo, giữ mặc định và chọn Clone.
- Chọn OK khi được nhắc xác nhận xây dựng môi trường Conda mới (
medical-image-ai
).
Xây dựng môi trường Conda sẽ mất tối đa 5 phút. - Trong thiết bị đầu cuối đã mở ở bước trước, hãy chạy lệnh sau để cài đặt NodeJS trong
studiolab
Môi trường Conda, được yêu cầu để cài đặt tiện ích mở rộng ImJoy JupyterLab 3 tiếp theo:conda install -y -c conda-forge nodejs
Bây giờ, chúng tôi cài đặt tiện ích mở rộng ImJoy Jupyter bằng Trình quản lý tiện ích mở rộng Studio Lab để bật trực quan hóa tương tác. Tiện ích mở rộng Imjoy cho phép itkWidget và các quy trình sử dụng nhiều dữ liệu khác giao tiếp với môi trường Jupyter cục bộ và từ xa, bao gồm sổ ghi chép Jupyter, JupyterLab, Studio Lab, v.v. - Trong Trình quản lý tiện ích mở rộng, tìm kiếm “imjoy” và chọn đặt.
- Xác nhận để xây dựng lại kernel khi được nhắc.
- Chọn Lưu và Tải lại khi quá trình xây dựng hoàn tất.
Sau khi cài đặt tiện ích mở rộng ImJoy, bạn sẽ có thể thấy biểu tượng ImJoy trong menu trên cùng của sổ ghi chép của mình.
Để xác minh điều này, hãy điều hướng đến trình duyệt tệp, chọn TCIA_Image_Visualalization_with_itkWidgets
sổ ghi chép và chọn medical-image-ai
kernel để chạy nó.
Biểu tượng ImJoy sẽ hiển thị ở góc trên bên trái của menu sổ ghi chép.
Với các bước cài đặt này, bạn đã cài đặt thành công medical-image-ai
Hạt nhân Python và tiện ích mở rộng ImJoy là điều kiện tiên quyết để chạy sổ ghi chép TCIA cùng với itkWidgets trên Studio Lab.
Kiểm tra giải pháp
Chúng tôi đã tạo một bộ sổ ghi chép và hướng dẫn thể hiện sự tích hợp của các công nghệ AI này trong Studio Lab. Đảm bảo chọn medical-image-ai
Hạt nhân Python khi chạy sổ ghi chép TCIA trong Studio Lab.
Sổ tay SageMaker đầu tiên trình bày cách tải xuống hình ảnh DICOM từ TCIA và trực quan hóa những hình ảnh đó bằng cách sử dụng khả năng kết xuất khối lượng điện ảnh của itkWidgets.
Cuốn sổ thứ hai cho biết cách có thể tải xuống các chú thích của chuyên gia có sẵn cho hàng trăm nghiên cứu về TCIA dưới dạng các đối tượng DICOM SEG và RTSTRUCT, được trực quan hóa ở dạng 3D hoặc dưới dạng lớp phủ trên các lát cắt 2D và được sử dụng để đào tạo cũng như đánh giá các hệ thống học sâu.
Cuốn sổ thứ ba cho biết cách có thể tải xuống và sử dụng các mô hình học sâu MONAI được đào tạo trước có sẵn trên Model Zoo của MONAI để phân đoạn các khối lượng CHT tuyến tiền liệt DICOM của TCIA (hoặc của riêng bạn).
Chọn Phòng thí nghiệm phòng thu mở trong các sổ ghi chép này và các sổ ghi chép JupyterLab khác để khởi chạy các sổ ghi chép đó trong môi trường Studio Lab có sẵn miễn phí.
Làm sạch
Sau khi bạn đã làm theo các bước cài đặt trong bài đăng này và tạo medical-image-ai
Môi trường Conda, bạn có thể muốn xóa nó để tiết kiệm dung lượng lưu trữ. Để làm như vậy, sử dụng lệnh sau:
conda remove --name medical-image-ai --all
Bạn cũng có thể gỡ cài đặt tiện ích mở rộng ImJoy thông qua Trình quản lý tiện ích mở rộng. Xin lưu ý rằng bạn sẽ cần tạo lại môi trường Conda và cài đặt lại tiện ích mở rộng ImJoy nếu bạn muốn tiếp tục làm việc với sổ ghi chép TCIA trong tài khoản Studio Lab của mình sau này.
Đóng tab của bạn và đừng quên chọn Dừng thời gian chạy trên trang dự án Studio Lab.
Kết luận
SageMaker Studio Lab có thể truy cập miễn phí đối với cộng đồng nghiên cứu AI hình ảnh y tế và có thể được sử dụng để lập mô hình AI hình ảnh y tế và trực quan hóa hình ảnh y tế tương tác kết hợp với MONAI và itkWidgets. Bạn có thể sử dụng dữ liệu mở TCIA và sổ ghi chép mẫu với Studio Lab tại các sự kiện đào tạo, chẳng hạn như hackathon và hội thảo. Với giải pháp này, các nhà khoa học và nhà nghiên cứu có thể nhanh chóng thử nghiệm, hợp tác và đổi mới với AI hình ảnh y tế. Nếu bạn có tài khoản AWS và đã thiết lập miền SageMaker Studio, thì bạn cũng có thể chạy các sổ ghi chép này trên Studio bằng cách sử dụng nhân Data Science Python mặc định (với ImJoy-jupyter-extension
đã cài đặt) trong khi chọn từ một nhiều loại phiên bản điện toán.
Phòng thí nghiệm Studio cũng ra mắt một tính năng mới tại AWS re:Invent 2022 để lấy sổ ghi chép được phát triển trong Studio Lab và chạy chúng dưới dạng tác vụ hàng loạt theo lịch trình định kỳ trong tài khoản AWS của bạn. Do đó, bạn có thể thay đổi quy mô các thử nghiệm ML của mình ngoài giới hạn điện toán miễn phí của Studio Lab và sử dụng các phiên bản điện toán mạnh hơn với bộ dữ liệu lớn hơn nhiều trên tài khoản AWS của bạn.
Nếu bạn muốn tìm hiểu thêm về cách AWS có thể giúp tổ chức chăm sóc sức khỏe hoặc khoa học đời sống của bạn, vui lòng liên hệ với một đại diện AWS. Để biết thêm thông tin về MONAI và itkWidgets, vui lòng liên hệ Bộ dụng cụ. Dữ liệu mới đang được thêm vào TCIA liên tục và các đề xuất cũng như đóng góp của bạn đều được hoan nghênh bằng cách truy cập trang web TCIA.
Đọc thêm
Về các tác giả
Stephen Aylward là Giám đốc cấp cao về Sáng kiến chiến lược tại Kitware, Phó giáo sư máy tính tại Đại học Bắc Carolina ở Chapel Hill, và là thành viên của Hiệp hội MICCAI. Tiến sĩ Aylward đã thành lập văn phòng Kitware ở Bắc Carolina, là người lãnh đạo một số sáng kiến nguồn mở và hiện là Chủ tịch hội đồng cố vấn MONAI.
Matt McCormick, Tiến sĩ, là một Kỹ sư Xuất sắc tại Kitware, nơi ông lãnh đạo việc phát triển Bộ công cụ Insight (ITK), một bộ công cụ phân tích hình ảnh khoa học. Ông đã từng là điều tra viên chính và là đồng điều tra viên của một số khoản tài trợ nghiên cứu từ Viện Y tế Quốc gia (NIH), dẫn đầu các cam kết với các phòng thí nghiệm quốc gia Hoa Kỳ và lãnh đạo nhiều dự án thương mại cung cấp phần mềm tiên tiến cho các thiết bị y tế. Tiến sĩ McCormick là người ủng hộ mạnh mẽ cho phần mềm nguồn mở hướng đến cộng đồng, khoa học mở và nghiên cứu tái sản xuất.
Brianna lớn là Kỹ sư Nghiên cứu và Phát triển tại Kitware với niềm đam mê phát triển phần mềm và công cụ nguồn mở sẽ mang lại lợi ích cho cộng đồng khoa học và y tế.
JUstin Kirby là Giám đốc Dự án Kỹ thuật tại Phòng thí nghiệm Nghiên cứu Ung thư Quốc gia Frederick (FNLCR). Công việc của ông tập trung vào các phương pháp cho phép chia sẻ dữ liệu đồng thời bảo vệ quyền riêng tư của bệnh nhân để cải thiện khả năng tái tạo và tính minh bạch trong nghiên cứu hình ảnh ung thư. Nhóm của ông đã thành lập The Cancer Imaging Archive (TCIA) vào năm 2010, cộng đồng nghiên cứu đã tận dụng để xuất bản hơn 200 bộ dữ liệu liên quan đến bản thảo, tài trợ, cuộc thi thử thách và các sáng kiến nghiên cứu NCI lớn. Những bộ dữ liệu này đã được thảo luận trong hơn 1,500 ấn phẩm được bình duyệt.
Gang Fu là Kiến trúc sư giải pháp chăm sóc sức khỏe tại AWS. Ông có bằng Tiến sĩ về Khoa học Dược phẩm tại Đại học Mississippi và có hơn mười năm kinh nghiệm nghiên cứu về công nghệ và y sinh. Anh ấy đam mê công nghệ và tác động của nó đối với việc chăm sóc sức khỏe.
Alex Lem là Giám đốc phát triển kinh doanh về hình ảnh y tế tại AWS. Alex xác định và thực hiện các chiến lược tiếp cận thị trường với các đối tác hình ảnh và thúc đẩy việc phát triển các giải pháp để tăng tốc nghiên cứu hình ảnh y tế dựa trên AI/ML trên đám mây. Anh ấy đam mê tích hợp các khung ML mã nguồn mở với ngăn xếp AWS AI/ML.
- Phân phối nội dung và PR được hỗ trợ bởi SEO. Được khuếch đại ngay hôm nay.
- Platoblockchain. Web3 Metaverse Intelligence. Khuếch đại kiến thức. Truy cập Tại đây.
- nguồn: https://aws.amazon.com/blogs/machine-learning/share-medical-image-research-on-amazon-sagemaker-studio-lab-for-free/
- 1
- 100
- 2D
- 3d
- 77
- a
- Có khả năng
- Giới thiệu
- đẩy nhanh tiến độ
- truy cập
- có thể truy cập
- Tài khoản
- Trợ Lý Giám Đốc
- ngang qua
- thêm
- địa chỉ
- tiên tiến
- cố vấn
- bảng điều khiển
- biện hộ
- Sau
- AI
- ai nghiên cứu
- AI / ML
- alex
- thuật toán
- Tất cả
- Cho phép
- cho phép
- đàn bà gan dạ
- Amazon SageMaker
- Xưởng sản xuất Amazon SageMaker
- Phòng thí nghiệm Amazon SageMaker Studio
- phân tích
- và
- phê duyệt
- lưu trữ
- có sẵn
- AWS
- AWS re: Invent
- cơ sở
- trước
- được
- hưởng lợi
- Ngoài
- lớn hơn
- y sinh
- bảng
- mang lại
- trình duyệt
- xây dựng
- kinh doanh
- phát triển kinh doanh
- Ung thư
- nghiên cứu ung thư
- khả năng
- mang
- Ghế
- thách thức
- Chọn
- đám mây
- hợp tác
- hợp tác
- COM
- kết hợp
- kết hợp
- thương gia
- Chung
- giao tiếp
- Cộng đồng
- cộng đồng
- Thúc đẩy cộng đồng
- Cuộc thi
- hoàn thành
- toàn diện
- Tính
- máy tính
- hội nghị
- Xác nhận
- liên lạc
- tiếp tục
- liên tục
- đóng góp
- Trung tâm
- Corner
- Phí Tổn
- CPU
- tạo
- tạo ra
- tùy chỉnh
- dữ liệu
- khoa học dữ liệu
- chia sẻ dữ liệu
- bộ dữ liệu
- Ngày
- sâu
- học kĩ càng
- Mặc định
- mặc định
- Xác định
- chứng minh
- Demo
- phát triển
- phát triển
- phát triển
- Phát triển
- Thiết bị (Devices)
- Giám đốc
- thảo luận
- màn hình
- Phân biệt
- miền
- dont
- tải về
- Tải xuống
- dễ dàng
- cho phép
- cho phép
- ky sư
- cấp doanh nghiệp
- Toàn bộ
- Môi trường
- môi trường
- thiết yếu
- Ether (ETH)
- đánh giá
- đánh giá
- Ngay cả
- sự kiện
- mọi người
- ví dụ
- Thi công
- kinh nghiệm
- thử nghiệm
- chuyên gia
- khám phá
- mở rộng
- phải đối mặt
- Đặc tính
- đặc sắc
- Tính năng
- đồng bào
- Tập tin
- Tên
- tập trung
- theo
- sau
- tiếp theo
- Thành lập
- khung
- Frederick
- Miễn phí
- từ
- đầy đủ
- được
- gif
- GitHub
- Đi chợ
- quản trị
- tài trợ
- hackathons
- cho sức khoẻ
- chăm sóc sức khỏe
- giúp đỡ
- giữ
- Độ đáng tin của
- Hướng dẫn
- HTML
- HTTPS
- Hàng trăm
- ICON
- ý tưởng
- hình ảnh
- Phân tích hình ảnh
- hình ảnh
- Hình ảnh
- Va chạm
- nâng cao
- in
- bao gồm
- Bao gồm
- thông tin
- khả năng phán đoán
- đổi mới
- cái nhìn sâu sắc
- cài đặt, dựng lên
- cài đặt
- ví dụ
- tích hợp
- tích hợp
- Tích hợp
- hội nhập
- tương tác
- quan tâm
- vấn đề
- IT
- việc làm
- Máy tính xách tay Jupyter
- Justin
- Giữ
- Key
- phòng thí nghiệm
- phòng thí nghiệm
- mới nhất
- phóng
- lãnh đạo
- Dẫn
- học tập
- Led
- thư viện
- Cuộc sống
- Khoa học đời sống
- hạn chế
- địa phương
- máy
- học máy
- duy trì
- chính
- làm cho
- giám đốc
- y khoa
- thiết bị y tế
- Hình ảnh y tế
- Các thành viên
- Menu
- phương pháp
- tối thiểu
- phút
- Mississippi
- ML
- kiểu mẫu
- người mẫu
- mô hình
- giám sát
- chi tiết
- MRI
- nhiều
- quốc dân
- Viện Y tế Quốc Gia
- Điều hướng
- Cần
- Mới
- tính năng mới
- tiếp theo
- NIH
- Bắc
- bắc Carolina
- máy tính xách tay
- máy tính xách tay
- đối tượng
- Office
- đang diễn ra
- mở
- dữ liệu mở
- mã nguồn mở
- Phần mềm mã nguồn mở
- mở
- mở ra
- cơ quan
- Nền tảng khác
- Khác
- riêng
- Đối tác
- niềm đam mê
- đam mê
- bệnh nhân
- lê
- thực hiện
- Dược phẩm
- chọn
- plato
- Thông tin dữ liệu Plato
- PlatoDữ liệu
- xin vui lòng
- pop-up
- Bài đăng
- mạnh mẽ
- Thuyết trình
- trình bày
- Hiệu trưởng
- riêng tư
- Quy trình
- năng suất
- Công cụ năng suất
- Giáo sư
- dự án
- dự án
- cung cấp
- cung cấp
- ấn phẩm
- xuất bản
- Python
- Mau
- RE
- sẵn sàng
- đề nghị
- định kỳ
- ghi danh
- liên quan
- xa
- tẩy
- vẽ
- kho
- yêu cầu
- cần phải
- nghiên cứu
- nghiên cứu và phát triển
- Cộng đồng nghiên cứu
- nhà nghiên cứu
- Thông tin
- Kết quả
- xem xét
- nguồn gốc
- chạy
- chạy
- nhà làm hiền triết
- Phòng thí nghiệm SageMaker Studio
- Lưu
- Quy mô
- lịch trình
- Khoa học
- KHOA HỌC
- các nhà khoa học
- Tìm kiếm
- Thứ hai
- an ninh
- phân khúc
- phân đoạn
- lựa chọn
- cao cấp
- riêng biệt
- Loạt Sách
- phiên
- định
- một số
- Chia sẻ
- chia sẻ
- Chương trình
- nhỏ hơn
- So
- Xã hội
- Phần mềm
- giải pháp
- Giải pháp
- động SOLVE
- nguồn
- Không gian
- ngăn xếp
- Bắt đầu
- bắt đầu
- Bang
- Bước
- Stephen
- Các bước
- là gắn
- Chiến lược
- chiến lược
- mạnh mẽ
- nghiên cứu
- phòng thu
- Thành công
- hệ thống
- Hãy
- nhóm
- đội
- Kỹ thuật
- Công nghệ
- Công nghệ
- 10
- Thiết bị đầu cuối
- Sản phẩm
- cung cấp their dịch
- vì thế
- Thứ ba
- triệt để
- số ba
- đến
- bên nhau
- bộ công cụ
- công cụ
- hàng đầu
- Train
- Hội thảo
- Minh bạch
- hướng dẫn
- hướng dẫn
- Kỳ
- Hoa Kỳ
- trường đại học
- sử dụng
- sử dụng
- khác nhau
- xác minh
- phiên bản
- thông qua
- có thể nhìn thấy
- hình dung
- hình dung
- khối lượng
- khối lượng
- Dựa trên web
- chào mừng
- cái nào
- trong khi
- sẽ
- không có
- Công việc
- làm việc
- Luồng công việc
- đang làm việc
- Hội thảo
- năm
- trên màn hình
- zephyrnet
- VƯỜN BÁCH THÚ