Tämä viesti on kirjoitettu yhdessä Stephen Aylwardin, Matt McCormickin, Brianna Majorin Kitwaresta ja Justin Kirbyn kanssa Frederick National Laboratory for Cancer Researchista (FNLCR).
Amazon SageMaker Studio Lab tarjoaa maksuton pääsy koneoppimisen (ML) kehitysympäristöön kaikille, joilla on sähköpostiosoite. Kuten täysin varusteltu Amazon SageMaker Studio, Studio Labin avulla voit muokata omia Condan ympäristö ja luoda CPU- ja GPU-skaalautuvia JupyterLab version 3 muistikirjat, jolla on helppo pääsy uusimpiin datatieteen tuottavuustyökaluihin ja avoimen lähdekoodin kirjastoihin. Lisäksi Studio Labin ilmaiset tilit sisältävät vähintään 15 Gt jatkuvaa tallennustilaa, jonka avulla voit jatkuvasti ylläpitää ja kuluttaa projektejasi useiden istuntojen aikana ja voit jatkaa välittömästi siitä, mihin jäit, ja jopa jakaa käynnissä olevan työsi ja työympäristösi muiden kanssa.
Lääketieteellisen imagoyhteisön keskeinen kysymys on, miten tutkijat voivat kokeilla ja tutkia näitä olennaisia työkaluja. Tämän haasteen ratkaisemiseksi AWS-tiimit tekivät yhteistyötä Keittiövälineet ja Frederick National Laboratory for Cancer Research (FNLCR) yhdistää kolme suurta lääketieteellisen kuvantamisen tekoälyresurssia Studio Labia ja koko avoimen lähdekoodin JupyterLab-yhteisöä varten:
Näiden työkalujen ja tietojen ansiosta lääketieteellisen kuvantamisen tekoälytutkijat voivat nopeasti kehittää ja arvioida perusteellisesti kliinisesti valmiita syväoppimisalgoritmeja kattavassa ja käyttäjäystävällisessä ympäristössä. FNLCR:n ja Kitwaren tiimin jäsenet loivat yhdessä sarjan Jupyter-kannettavia, jotka esittelevät yhteisiä työnkulkuja TCIA-tietojen ohjelmointiin ja visualisoimiseen. Nämä muistikirjat käyttävät Studio Labia, jotta tutkijat voivat käyttää muistikirjoja ilman, että heidän tarvitsee perustaa omaa paikallista Jupyter-kehitysympäristöä – voit nopeasti tutkia uusia ideoita tai integroida työsi esityksiin, työpajoihin ja opetusohjelmiin konferensseissa.
Seuraava esimerkki havainnollistaa Studio Labia, joka käyttää Jupyter-muistikirjaa, joka lataa TCIA-eturauhasen MRI-tiedot, segmentoi ne MONAI:n avulla ja näyttää tulokset itkWidgettien avulla.
Vaikka voit helposti suorittaa pienempiä kokeiluja ja demoja tässä postauksessa esitellyillä muistikirjoilla Studio Labissa ilmaiseksi, on suositeltavaa käyttää Amazon SageMaker Studio kun koulutat omia lääketieteellisiä kuvamallejasi mittakaavassa. Amazon SageMaker Studio on integroitu verkkopohjainen kehitysympäristö (IDE), jossa on yritystason tietoturva-, hallinto- ja valvontaominaisuuksia, joista voit käyttää tarkoitukseen rakennettuja työkaluja kaikkien ML-kehitysvaiheiden suorittamiseen. Avoimen lähdekoodin kirjastot, kuten MONAI Core ja itkWidgets, toimivat myös Amazon SageMaker Studiossa.
Asenna ratkaisu
Jotta voit käyttää TCIA-kannettavia Studio Labissa, sinun on rekisteröitävä tili käyttämällä sähköpostiosoitettasi osoitteessa Studio Labin kotisivut. Tilipyyntöjen hyväksyminen voi kestää 1–3 päivää.
Sen jälkeen voit aloittaa asennusohjeiden mukaisesti:
- Kirjaudu Studio Labiin ja käynnistä CPU:n ajonaika.
- Siirry erillisellä välilehdellä kohtaan TCIA kannettavat GitHub repo ja valitse muistikirja arkiston juurikansiosta.
- Valita Avaa Studio Lab avataksesi muistikirjan Studio Labissa.
- Valitse takaisin Studio Labiin Kopioi projektiin.
- Valitse uudessa JupyterLab-ponnahdusikkunassa, joka avautuu Kloonaa koko repo.
- Säilytä seuraavassa ikkunassa oletusasetukset ja valitse klooni.
- Valita OK kun sinua kehotetaan vahvistamaan uuden Conda-ympäristön rakentaminen (
medical-image-ai
).
Conda-ympäristön rakentaminen kestää jopa 5 minuuttia. - Suorita edellisessä vaiheessa avatussa terminaalissa seuraava komento asentaaksesi NodeJS:n
studiolab
Conda-ympäristö, joka tarvitaan ImJoy JupyterLab 3 -laajennuksen asentamiseen seuraavaksi:conda install -y -c conda-forge nodejs
Asennamme nyt ImJoy Jupyter -laajennuksen Studio Lab Extension Managerin avulla interaktiivisten visualisointien mahdollistamiseksi. Imjoy-laajennus mahdollistaa itkWidgetien ja muiden dataintensiivisten prosessien kommunikoinnin paikallisten ja etä Jupyter-ympäristöjen kanssa, mukaan lukien Jupyter-muistikirjat, JupyterLab, Studio Lab ja niin edelleen. - Etsi Extension Managerista "imjoy" ja valitse install.
- Vahvista ytimen uudelleenrakentaminen pyydettäessä.
- Valita Tallenna ja lataa uudelleen kun rakentaminen on valmis.
ImJoy-laajennuksen asennuksen jälkeen voit nähdä ImJoy-kuvakkeen muistikirjojen ylävalikossa.
Vahvista tämä siirtymällä tiedostoselaimeen ja valitsemalla TCIA_Image_Visualalization_with_itkWidgets
muistikirja ja valitse medical-image-ai
ydin sen suorittamiseen.
ImJoy-kuvake näkyy muistikirjan valikon vasemmassa yläkulmassa.
Näiden asennusvaiheiden avulla olet asentanut onnistuneesti medical-image-ai
Python-ydin ja ImJoy-laajennus edellytyksenä TCIA-muistikirjojen käyttämiselle yhdessä itkWidgetien kanssa Studio Labissa.
Testaa ratkaisu
Olemme luoneet joukon muistikirjoja ja opetusohjelman, joka esittelee näiden tekoälytekniikoiden integrointia Studio Labiin. Muista valita medical-image-ai
Python-ydin, kun käytät TCIA-kannettavia Studio Labissa.
Ensimmäinen SageMaker-muistikirja näyttää, kuinka ladata DICOM-kuvia TCIA:sta ja visualisoida kuvat käyttämällä itkWidgettien elokuvamaista äänenvoimakkuutta.
Toinen muistikirja näyttää, kuinka satoja TCIA-tutkimuksia varten saatavilla olevat asiantuntijamerkinnät voidaan ladata DICOM SEG- ja RTSTRUCT-objekteina, visualisoida 3D-muodossa tai peittokuvina 2D-leikkauksille ja käyttää syväoppimisjärjestelmien koulutukseen ja arviointiin.
Kolmas muistikirja näyttää, kuinka MONAI:n Model Zoo -eläintarhassa saatavilla olevia esikoulutettuja MONAI-syväoppimismalleja voidaan ladata ja käyttää TCIA- (tai omien) DICOM-eturauhasen MRI-määrien segmentointiin.
Valita Avaa Studio Lab näissä ja muissa JupyterLab-kannettavissa käynnistääksesi kyseiset muistikirjat ilmaiseksi saatavilla olevassa Studio Lab -ympäristössä.
Puhdistaa
Kun olet noudattanut tämän viestin asennusvaiheita ja luonut medical-image-ai
Conda-ympäristössä, haluat ehkä poistaa sen tallennustilan säästämiseksi. Voit tehdä tämän käyttämällä seuraavaa komentoa:
conda remove --name medical-image-ai --all
Voit myös poistaa ImJoy-laajennuksen Extension Managerin kautta. Huomaa, että sinun on luotava Conda-ympäristö uudelleen ja asennettava ImJoy-laajennus uudelleen, jos haluat jatkaa Studio Lab -tilisi TCIA-muistikirjojen käyttöä myöhemmin.
Sulje välilehti ja älä unohda valita Pysäytä Runtime Studio Lab -projektisivulla.
Yhteenveto
SageMaker Studio Lab on lääketieteellisten kuvien tekoälytutkimusyhteisöjen käytettävissä maksutta, ja sitä voidaan käyttää lääketieteellisten kuvien tekoälymallinnukseen ja interaktiiviseen lääketieteellisten kuvien visualisointiin yhdessä MONAI:n ja itkWidgetien kanssa. Voit käyttää TCIA:n avointa dataa ja mallimuistikirjoja Studio Labin kanssa koulutustapahtumissa, kuten hackathoneissa ja työpajoissa. Tämän ratkaisun avulla tiedemiehet ja tutkijat voivat nopeasti kokeilla, tehdä yhteistyötä ja innovoida lääketieteellisen kuvan tekoälyn avulla. Jos sinulla on AWS-tili ja olet määrittänyt SageMaker Studio -toimialueen, voit myös käyttää näitä muistikirjoja Studiossa käyttämällä oletusarvoista Data Science Python -ydintä (ja ImJoy-jupyter-extension
asennettu) valitessasi kohdasta a erilaisia laskenta-ilmentymiä.
Studio Lab myös julkaisi uuden ominaisuuden AWS re:Invent 2022:ssa ottaa Studio Labissa kehitetyt muistikirjat ja suorittaa niitä erätöinä toistuvasti AWS-tileilläsi. Siksi voit skaalata ML-kokeilujasi Studio Labin ilmaisen laskennan rajoituksia pidemmälle ja käyttää tehokkaampia laskentaesiintymiä, joissa on paljon suurempia tietojoukkoja AWS-tileilläsi.
Jos olet kiinnostunut oppimaan lisää siitä, kuinka AWS voi auttaa terveydenhuolto- tai biotieteiden organisaatiotasi, ota yhteyttä AWS:n edustaja. Jos haluat lisätietoja MONAI:sta ja itkWidgeteistä, ota yhteyttä Keittiövälineet. Uusia tietoja lisätään TCIA:han jatkuvasti, ja ehdotuksesi ja panoksesi ovat tervetulleita vierailemalla TCIA:n verkkosivuilla.
Kirjallisuutta
Tietoja Tekijät
Stephen Aylward on Kitwaren strategisten aloitteiden vanhempi johtaja, tietokonetieteen apulaisprofessori Pohjois-Carolinan yliopistossa Chapel Hillissä ja MICCAI-seuran jäsen. Dr. Aylward perusti Kitwaren toimiston Pohjois-Carolinaan, on ollut useiden avoimen lähdekoodin aloitteiden johtaja ja on nyt MONAI:n neuvottelukunnan puheenjohtaja.
Matt McCormick, PhD, on Kitwaren arvostettu insinööri, jossa hän johtaa Insight Toolkitin (ITK), tieteellisen kuva-analyysityökalusarjan, kehitystä. Hän on ollut päätutkija ja osatutkija useissa National Institutes of Healthin (NIH) tutkimusapurahoissa, johtanut yhteistyötä Yhdysvaltojen kansallisten laboratorioiden kanssa ja johtanut erilaisia kaupallisia projekteja, jotka tarjoavat edistyneitä ohjelmistoja lääkinnällisiin laitteisiin. Dr. McCormick on yhteisölähtöisen avoimen lähdekoodin ohjelmistojen, avoimen tieteen ja toistettavan tutkimuksen vahva puolestapuhuja.
Brianna Major on Kitwaren tutkimus- ja kehitysinsinööri, jonka intohimona on kehittää avoimen lähdekoodin ohjelmistoja ja työkaluja, jotka hyödyttävät lääketieteellisiä ja tiedeyhteisöjä.
Justin Kirby on tekninen projektipäällikkö Frederick National Laboratory for Cancer Researchissa (FNLCR). Hänen työnsä keskittyy menetelmiin, jotka mahdollistavat tiedon jakamisen ja säilyttävät samalla potilaan yksityisyyden, mikä parantaa syövän kuvantamistutkimuksen toistettavuutta ja läpinäkyvyyttä. Hänen tiiminsä perusti vuonna 2010 The Cancer Imaging Archive -arkiston (TCIA), jota tutkimusyhteisö on hyödyntänyt yli 200 käsikirjoituksiin, apurahoihin, haastekilpailuihin ja suuriin NCI-tutkimushankkeisiin liittyvän tietojoukon julkaisemiseen. Näitä aineistoja on käsitelty yli 1,500 XNUMX vertaisarvioidussa julkaisussa.
Gang Fu on AWS:n terveydenhuollon ratkaisuarkkitehti. Hän on valmistunut lääketieteen tohtoriksi Mississippin yliopistosta ja hänellä on yli kymmenen vuoden kokemus tekniikan ja biolääketieteen tutkimuksesta. Hän on intohimoinen teknologiasta ja sen vaikutuksista terveydenhuoltoon.
Alex Lemm on AWS:n lääketieteellisen kuvantamisen liiketoiminnan kehityspäällikkö. Alex määrittelee ja toteuttaa markkinoille meneviä strategioita kuvantamiskumppaneiden kanssa ja ohjaa ratkaisujen kehitystä nopeuttaakseen tekoäly-/ML-pohjaista lääketieteellistä kuvantamistutkimusta pilvessä. Hän on intohimoinen avoimen lähdekoodin ML-kehysten integroimisesta AWS AI/ML -pinoon.
- SEO-pohjainen sisällön ja PR-jakelu. Vahvista jo tänään.
- Platoblockchain. Web3 Metaverse Intelligence. Tietoa laajennettu. Pääsy tästä.
- Lähde: https://aws.amazon.com/blogs/machine-learning/share-medical-image-research-on-amazon-sagemaker-studio-lab-for-free/
- 1
- 100
- 2D
- 3d
- 77
- a
- pystyy
- Meistä
- kiihdyttää
- pääsy
- saatavilla
- Tili
- Tilit
- poikki
- lisä-
- osoite
- kehittynyt
- neuvontapalvelut
- neuvottelukunta
- puolestapuhuja
- Jälkeen
- AI
- ai tutkimusta
- AI / ML
- alex
- algoritmit
- Kaikki
- Salliminen
- mahdollistaa
- Amazon
- Amazon Sage Maker
- Amazon SageMaker Studio
- Amazon SageMaker Studio Lab
- analyysi
- ja
- hyväksytty
- Archive
- saatavissa
- AWS
- AWS uudelleen: keksintö
- perusta
- ennen
- ovat
- hyödyttää
- Jälkeen
- suurempi
- biolääketieteen
- hallitus
- tuoda
- selain
- rakentaa
- liiketoiminta
- liiketoiminnan kehitys
- Syöpä
- syövän tutkimusta
- kyvyt
- kuljettaa
- Tuoli
- haaste
- Valita
- pilvi
- tehdä yhteistyötä
- yhteistyötä
- KOM
- yhdistelmä
- yhdistää
- kaupallinen
- Yhteinen
- tiedottaa
- yhteisöjen
- yhteisö
- Yhteisöohjattu
- Kilpailut
- täydellinen
- kattava
- Laskea
- tietokone
- konferenssit
- Vahvistaa
- ottaa yhteyttä
- jatkaa
- jatkuvasti
- maksut
- Ydin
- Kulma
- Hinta
- prosessori
- luoda
- luotu
- räätälöidä
- tiedot
- tietojenkäsittely
- tietojen jakaminen
- aineistot
- päivää
- syvä
- syvä oppiminen
- oletusarvo
- oletusarvot
- määrittelee
- osoittaa
- Demos
- kehittää
- kehitetty
- kehittämällä
- Kehitys
- Laitteet
- Johtaja
- keskusteltiin
- näytöt
- hienostunut
- verkkotunnuksen
- Dont
- download
- lataukset
- helposti
- mahdollistaa
- mahdollistaa
- insinööri
- yritystason
- Koko
- ympäristö
- ympäristöissä
- olennainen
- Eetteri (ETH)
- arvioida
- arviointi
- Jopa
- Tapahtumat
- jokainen
- esimerkki
- toteuttaja
- experience
- kokeilu
- asiantuntija
- tutkia
- laajentaminen
- kohtasi
- Ominaisuus
- varustellun
- Ominaisuudet
- kaveri
- filee
- Etunimi
- keskityttiin
- seurata
- seurannut
- jälkeen
- Perustettu
- puitteet
- Frederick
- Ilmainen
- alkaen
- täysin
- saada
- gif
- GitHub
- Go-to-Market
- hallinto
- avustukset
- Hackatonit
- terveys
- terveydenhuollon
- auttaa
- pitää
- Miten
- Miten
- HTML
- HTTPS
- Sadat
- ICON
- ideoita
- kuva
- kuva-analyysi
- kuvien
- Imaging
- Vaikutus
- parantaa
- in
- sisältää
- Mukaan lukien
- tiedot
- aloitteita
- innovoida
- tietoa
- asentaa
- asennetaan
- esimerkki
- yhdistää
- integroitu
- Integrointi
- integraatio
- vuorovaikutteinen
- kiinnostunut
- kysymys
- IT
- Työpaikat
- Jupyter Notebook
- Justin
- Pitää
- avain
- laboratorio
- laboratorio
- uusin
- käynnistää
- johtaja
- Liidit
- oppiminen
- Led
- kirjastot
- elämä
- Life Sciences
- rajoitukset
- paikallinen
- kone
- koneoppiminen
- ylläpitää
- merkittävä
- tehdä
- johtaja
- lääketieteellinen
- lääkinnällisten laitteiden
- lääketieteellinen kuvantaminen
- Jäsenet
- valikko
- menetelmät
- minimi
- pöytäkirja
- Mississippi
- ML
- malli
- mallintaminen
- mallit
- seuranta
- lisää
- MK
- moninkertainen
- kansallinen
- National Institutes of Health
- Navigoida
- Tarve
- Uusi
- uusi ominaisuus
- seuraava
- NIH
- Pohjoiseen
- pohjois-carolina
- muistikirja
- kannettavat tietokoneet
- esineet
- Office
- jatkuva
- avata
- avoin data
- avoimen lähdekoodin
- Avoimen lähdekoodin ohjelmisto
- avattu
- avautuu
- organisaatio
- Muut
- Muuta
- oma
- kumppani
- intohimo
- intohimoinen
- potilas
- vertainen
- suorittaa
- Lääkealan
- poimia
- Platon
- Platonin tietotieto
- PlatonData
- Ole hyvä
- pop-up
- Kirje
- voimakas
- Esitykset
- esitetty
- Pääasiallinen
- yksityisyys
- Prosessit
- tuottavuus
- Tuottavuustyökalut
- Opettaja
- projekti
- hankkeet
- tarjoaa
- tarjoamalla
- julkaisut
- julkaista
- Python
- nopeasti
- RE
- valmis
- suositeltu
- toistuva
- ilmoittautua
- liittyvä
- kaukosäädin
- poistaa
- mallinnus
- säilytyspaikka
- pyynnöt
- tarvitaan
- tutkimus
- tutkimus ja kehitys
- tutkimus yhteisön
- Tutkijat
- Esittelymateriaalit
- tulokset
- tarkistetaan
- juuri
- ajaa
- juoksu
- sagemaker
- SageMaker Studio Lab
- Säästä
- Asteikko
- aikataulu
- tiede
- tieteet
- tutkijat
- Haku
- Toinen
- turvallisuus
- segmentti
- segmentit
- valitsemalla
- vanhempi
- erillinen
- Sarjat
- istuntoja
- setti
- useat
- Jaa:
- jakaminen
- Näytä
- pienempiä
- So
- yhteiskunta
- Tuotteemme
- ratkaisu
- Ratkaisumme
- SOLVE
- lähde
- Tila
- pino
- Alkaa
- alkoi
- Valtiot
- Vaihe
- Stephen
- Askeleet
- Levytila
- Strateginen
- strategiat
- vahva
- opinnot
- studio
- Onnistuneesti
- järjestelmät
- ottaa
- joukkue-
- tiimit
- Tekninen
- Technologies
- Elektroniikka
- kymmenen
- terminaali
- -
- heidän
- siksi
- kolmas
- perin pohjin
- kolmella
- että
- yhdessä
- työkalupakki
- työkalut
- ylin
- Juna
- koulutus
- Läpinäkyvyys
- oppitunti
- opetusohjelmat
- Yhtenäinen
- Yhdysvallat
- yliopisto
- käyttää
- helppokäyttöinen
- eri
- todentaa
- versio
- kautta
- näkyvä
- visualisointi
- havainnollistaa
- tilavuus
- volyymit
- Web-pohjainen
- tervetuloa
- joka
- vaikka
- tulee
- ilman
- Referenssit
- työskenteli
- työnkulkuja
- työskentely
- Työpajat
- vuotta
- Sinun
- zephyrnet
- ZOO