Teljes hosszúságú egymolekulás fehérje ujjlenyomat – Nature Nanotechnology

Aebersold, R. et al. Hány emberi proteoforma létezik? Nat. Chem. Biol. 14, 206 – 214 (2018).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Kim, HK, Pham, MHC, Ko, KS, Rhee, BD & Han, J. Alternative splicing izoforms in health and disease. Pflügers Arch. 470, 995 – 1016 (2018).

Paronetto, MP, Passacantilli, I. & Sette, C. Alternatív splicing és sejttúlélés: a szöveti homeosztázistól a betegségig. Sejthalál különbség. 23, 1919 – 1929 (2016).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Lin, H. & Caroll, KS Bevezetés: poszttranszlációs fehérjemódosítás. Chem. Fordulat. 118, 887 – 888 (2018).

Cikk  CAS  PubMed  Google Scholar 

Carbonara, K., Andonovski, M. & Coorssen, JR A proteomák proteoformák: átfogják a komplexitást. Proteómák 9, 38 (2021).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Benson, MD, Ngo, D., Ganz, P. & Gerszten, RE Emerging affinity reagents for high throughput proteomics: trust, but verify. Keringés 140, 1610 – 1612 (2019).

Cikk  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Yang, Y. et al. Hibrid tömegspektrometriás megközelítések a glikoprotein analízisben és felhasználásuk a biohasonlóság pontozásában. Nat. Commun. 7, 13397 (2016).

Cikk  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Čaval, T., Tian, ​​W., Yang, Z., Clausen, H. & Heck, AJR Glycoengineered erythropoietin variánsok közvetlen minőségellenőrzése. Nat. Commun. 9, 3342 (2018).

Cikk  ADS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Siuti, N. & Kelleher, NL Fehérjemódosítások dekódolása felülről lefelé irányuló tömegspektrometriával. Nat. Mód 410, 817 – 821 (2007).

Cikk  Google Scholar 

Wang, Y., Zhao, Y., Bollas, A., Wang, Y. & Au, KF Nanopore szekvenálási technológia, bioinformatika és alkalmazások. Nat. Biotechnol. 39, 1348 – 1365 (2021).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Ardui, S., Ameur, A., Vermeesch, JR & Hestand, MS Egymolekula valós idejű (SMRT) szekvenálás felnőttkorban: alkalmazások és segédprogramok orvosi diagnosztikához. Nukleinsavak Res. 46, 2159 – 2168 (2018).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Restrepo-Pérez, L., Joo, C. & Dekker, C. Kikövezve az utat az egymolekulájú fehérjeszekvenálás felé. Nat. Nanotechnol. 13, 786 – 796 (2018).

Cikk  ADS  PubMed  Google Scholar 

Alfaro, JA et al. Az egymolekulájú fehérjeszekvenálási technológiák feltörekvő tája. Nat. Mód 18, 604 – 617 (2021).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Floyd, BM & Marcotte, EM Protein szekvenálás, egy-egy molekula. Annu. Rev. Biophys. 51, 181 – 200 (2022).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Timp, W. & Timp, G. A tömegspektrometrián túl, a proteomika következő lépése. Sci. Adv. 6, eaax8978 (2020).

Cikk  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Swaminathan, J., Boulgakov, AA & Marcotte, EM Egymolekulás peptid szekvenálás elméleti indoklása. PLoS Comput. Biol. 11, e1004080 (2015).

Cikk  ADS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Rodriques, SG, Marblestone, AH & Boyden, ES Egymolekulás fehérjeszekvenálás elméleti elemzése gyenge kötési spektrumon keresztül. PLoS ONE 14, e0212868 (2019).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Yao, Y., Docter, M., Van Ginkel, J., De Ridder, D. & Joo, C. Single-molecule protein szekvenálás ujjlenyomatvételen keresztül: számítási értékelés. Phys. Biol. 12, 10 – 16 (2015).

Cikk  Google Scholar 

de Lannoy, CV et al. A FRET X értékelése egymolekulás fehérje ujjlenyomat készítéséhez. iScience 24, 103239 (2021).

Cikk  ADS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Yu, L. et al. Teljes hosszúságú fehérjék egyirányú, egyfájlos szállítása nanopóruson keresztül. Nat. Biotechnol. 41, 1130 – 1139 (2023).

van Ginkel, J. et al. Egymolekulájú peptid ujjlenyomat. Proc. Natl Acad. Sci. USA 115, 3338 – 3343 (2018).

Swaminathan, J. et al. A fehérjék nagymértékben párhuzamos egymolekulás azonosítása zeptomol méretű keverékekben. Nat. Biotechnol. 36, 1076 – 1082 (2018).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Shrestha, P. et al. Egymolekulás mechanikus ujjlenyomatvétel DNS nanokapcsoló féknyergekkel. Nat. Nanotechnol. 16, 1362 – 1370 (2021).

Filius, M., Kim, SH, Severins, I. & Joo, C. Nagy felbontású egymolekulás FRET DNS-cserén keresztül (FRET X). Nano Lett. 21, 3295 – 3301 (2021).

Cikk  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Filius, M., van Wee, R. & Joo, C. in Egymolekula elemzés: módszerek és protokollok (szerk. Heller, I. et al.) 203–213 (Springer, 2024).

Van Wee, R., Filius, M. & Joo, C. A vászon befejezése: fejlesztések és kihívások a DNA-PAINT szuperfelbontású képalkotásban. Trends Biochem. Sci. 11, 918 – 930 (2021).

Google Scholar 

Schnitzbauer, J., Strauss, MT, Schlichthaerle, T., Schueder, F. & Jungmann, R. Super-resolution microscopy with DNA-PAINT. Nat. Protoc. 12, 1198 – 1228 (2017).

Cikk  CAS  PubMed  Google Scholar 

Shi, X. et al. Aldehiddel jelölt fehérjék kvantitatív fluoreszcens jelölése egymolekulás képalkotáshoz. Nat. Mód 9, 499 – 503 (2012).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Schuler, B. & Hofmann, H. Egymolekulás spektroszkópia a fehérje hajtogatásának dinamikájáról – a hatókör és az időskálák kiterjesztése. Curr. Opin. Struktúra. Biol. 23, 36 – 47 (2013).

Cikk  CAS  PubMed  Google Scholar 

Yang, X. & Qian, K. Protein O-GlcNAciláció: kialakuló mechanizmusok és funkciók. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 18, 452 – 465 (2017).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Vellosillo, P. & Minguez, P. A fehérje poszttranszlációs módosítások típusai és az emberi genetikai betegségek közötti összefüggések globális térképe. iScience 24, 102917 (2021).

Cikk  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Mauri, T. et al. O-GlcNAciláció előrejelzése: elérhetetlen cél. Adv. Appl. Bioinform. Chem. 14, 87 – 102 (2021).

Shi, J., Ruijtenbeek, R. & Pieters, RJ Demystifying O-GlcNAciláció: tippek a peptid szubsztrátokból. Glikobiológia 28, 814 – 824 (2018).

Cikk  CAS  PubMed  Google Scholar 

Shen, DL és mtsai. katalitikus promiszkuitása O- A GlcNAc transzferáz lehetővé teszi a citoplazmatikus fehérjék váratlan metabolikus módosítását 2-azido-2-dezoxi-glükózzal. ACS Chem. Biol. 12, 206 – 213 (2017).

Cikk  CAS  PubMed  Google Scholar 

Mayer, A., Gloster, TM, Chou, WK, Vocadlo, DJ és Tanner, ME 6′-Azido-6′-dezoxi-UDP-N-acetil-glükózamin, mint glikoziltranszferáz szubsztrát. Bioorg. Med. Chem. Lett. 21, 1199 – 1201 (2011).

Cikk  CAS  PubMed  Google Scholar 

Macdonald, JI, Munch, HK, Moore, T. & Francis, MB Natív fehérjék egylépéses helyspecifikus módosítása 2-piridinkarboxialdehidekkel. Nat. Chem. Biol. 11, 326 – 331 (2015).

Cikk  CAS  PubMed  Google Scholar 

Wang, S. et al. S100A8/A9 gyulladásban. Elülső. Immunol. 9, 1298 (2018).

Cikk  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Vijayan, AL et al. Prokalcitonin: ígéretes diagnosztikai marker a szepszishez és az antibiotikum-terápiához. J. Intenzív terápia 5, 51 (2017).

Cikk  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Senior, AW et al. Továbbfejlesztett fehérjeszerkezet előrejelzés a mély tanulásból származó lehetőségek felhasználásával. Természet 577, 706 – 710 (2020).

Cikk  ADS  CAS  PubMed  Google Scholar 

Jumper, J. et al. Nagyon pontos fehérjeszerkezet előrejelzés az AlphaFold segítségével. Természet 596, 583 – 589 (2021).

Cikk  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Jungmann, R. et al. Multiplex 3D sejtes szuperfelbontású képalkotás DNA-PAINT és Exchange-PAINT segítségével. Nat. Mód 11, 313 – 318 (2014).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Erickson, HP A fehérjemolekulák mérete és alakja nanométer szinten ülepítéssel, gélszűréssel és elektronmikroszkóppal meghatározva. Biol. Folytassa. Online 11, 32 – 51 (2009).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Ree, R., Varland, S. & Arnesen, T. Spotlight on protein N-terminal acetylation. Exp. Mol. Med. 50, 1 – 13 (2018).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Bloom, S. et al. Dekarboxilációs alkilezés natív fehérjék helyszelektív biokonjugációjához oxidációs potenciálon keresztül. Nat. Chem. 10, 205 – 211 (2018).

Cikk  CAS  PubMed  Google Scholar 

Ramirez, DH és mtsai. Közelség-irányított tervezés O-GlcNAc transzferáz a szelektív fehérje számára O-GlcNAciláció a sejtekben. ACS Chem. Biol. 15, 1059 – 1066 (2020).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Yang, Y.-Y., Ascano, JM & Hang, HC Bioorthogonal kémiai riporterek fehérje acetiláció monitorozására. J. Am. Chem. Soc. 132, 3640 – 3641 (2010).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Westcott, NP, Fernandez, JP, Molina, H. & Hang, HC A kémiai proteomika feltárja a kis GTPázok ADP-ribozilációját oxidatív stressz során. Nat. Chem. Biol. 13, 302 – 308 (2017).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Rabuka, D., Hubbard, SC, Laughlin, ST, Argade, SP & Bertozzi, CR Kémiai riporter stratégia a glikoprotein fukozilációjának vizsgálatára. J. Am. Chem. Soc. 128, 12078 – 12079 (2006).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Boeggeman, E. et al. A nem redukáló GlcNAc-maradékok közvetlen azonosítása N-glikoproteinek glikánjai egy új kemoenzimatikus módszerrel. Bioconjugate Chem. 18, 806 – 814 (2007).

Cikk  CAS  Google Scholar 

van Geel, R. et al. A mérgező rakományok kemoenzimatikus konjugációja a globálisan konzervált anyagokhoz NA natív monoklonális ellenanyagok glikánja homogén és nagyon hatékony antitest-gyógyszer konjugátumokat biztosít. Bioconjugate Chem. 26, 2233 – 2242 (2015).

Cikk  Google Scholar 

Tate, EW, Kalesh, KA, Lanyon-Hogg, T., Storck, EM & Thinon, E. Global profiling of protein lipidation using chemical proteomic technologies. Curr. Opin. Chem. Biol. 24, 48 – 57 (2015).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Anderson, NL & Anderson, NG Az emberi plazmaproteom: történelem, karakter és diagnosztikai kilátások. Mol. Sejt. Proteom. 1, 845 – 867 (2002).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Han, X., Aslanian, A. & Yates, JR. Tömegspektrometria a proteomikához. Curr. Opin. Chem. Biol. 12, 483 – 490 (2008).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Filius, M. et al. Nagy sebességű szuperfelbontású képalkotás fehérje-asszisztált DNS-PAINT segítségével. Nano Lett. 20, 2264 – 2270 (2020).

Cikk  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Kim, SH, Kim, H., Jeong, H. & Yoon, TY Több virtuális jel kódolása DNS vonalkódokban egymolekulás FRET segítségével. Nano Lett. 21, 1694 – 1701 (2021).

Cikk  ADS  CAS  PubMed  Google Scholar 

McCann, JJ, Choi, UB, Zheng, L., Weninger, K. & Bowen, ME Optimalizálási módszerek az abszolút FRET hatékonyság helyreállítására immobilizált egyetlen molekulákból. Biophys. J. 99, 961 – 970 (2010).

Cikk  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Cristianini, N. és Shawe-Taylor, J. Bevezetés a vektorgépek és más kernel-alapú tanulási módszerek támogatásába (Cambridge University Press, 2000).

Pedregosa, F. et al. Scikit-learn: gépi tanulás Pythonban. J. Mach. Tanul. Res. 12, 2825 – 2830 (2011).

MathSciNet  Google Scholar 

Pabst, M. et al. A prokarióta fehérje glikozilációjának feltárásának általános megközelítése egy anammox baktérium egyedi felületi rétegbeli modulációját tárja fel. ISME J. 16, 346 – 357 (2022).

Cikk  CAS  PubMed  Google Scholar 

Chuh, KN, Zaro, BW, Piller, F., Piller, V. & Pratt, MR A metabolikus kémiai riporter szerkezetének változásai szelektív szondát eredményeznek O-GlcNAc módosítás. J. Am. Chem. Soc. 136, 12283 – 12295 (2014).

Cikk  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar