Dvojna vijačnica DNK, majhen elektromotor

Pelesko, JA & Bernstein, DH Modeliranje MEMS in NEMS (CRC, 2002).

Tsoukalas, K., Vosoughi Lahijani, B. & Stobbe, S. Vpliv zakonov o skaliranju transdukcije na nanoelektromehanske sisteme. Fiz. Rev. Lett. 124223902 (2020).

Člen  CAS  Google Scholar 

Bustamante, C., Keller, D. & Oster, G. Fizika molekularnih motorjev. Acc Chem. Res. 34412-420 (2001).

Člen  CAS  Google Scholar 

Julicher, F., Ajdari, A. & Prost, J. Modeliranje molekularnih motorjev. Rev. Mod. Fiz. 691269-1281 (1997).

Člen  CAS  Google Scholar 

Boyer, PD ATP sintaza – čudovit molekularni stroj. Annu Rev. Biochem. 66717-749 (1997).

Člen  CAS  Google Scholar 

Deme, JC et al. Strukture statorskega kompleksa, ki poganja rotacijo bakterijskega bička. Nat. Mikrobiol. 51553-1564 (2020).

Člen  CAS  Google Scholar 

Junge, W., Lill, H. & Engelbrecht, S. ATP sintaza: elektrokemični pretvornik z rotacijsko mehaniko. Trendi Biochem. Sci. 22420-423 (1997).

Člen  CAS  Google Scholar 

Hernández, JV, Kay, ER & Leigh, DA Reverzibilni sintetični rotacijski molekularni motor. Znanost 3061532-1537 (2004).

Člen  Google Scholar 

Roke, D., Wezenberg, SJ & Feringa, BL Molekularni rotacijski motorji: enosmerno gibanje okoli dvojnih vezi. Proc. Natl Acad. Sci. ZDA 1159423-9431 (2018).

Člen  CAS  Google Scholar 

Seeman, NC & Sleiman, HF DNK nanotehnologija. Nat. Rev. Mater 317068 (2017).

Člen  Google Scholar 

Rothemund, PWK Zgibanje DNK za ustvarjanje oblik in vzorcev v nanometru. Narava 440297-302 (2006).

Člen  CAS  Google Scholar 

Gu, H., Chao, J., Xiao, S.-JJ & Seeman, NC Programirljiva montažna linija DNK nanometrskega merila, ki temelji na bližini. Narava 465202-205 (2010).

Člen  CAS  Google Scholar 

Modi, S. et al. Nanomašina DNK, ki preslika prostorske in časovne spremembe pH znotraj živih celic. Nat. Nanotehnol. 4325-330 (2009).

Člen  CAS  Google Scholar 

Marras, AE, Zhou, L., Su, H.-J. & Castro, CE Programljivo gibanje mehanizmov origami DNK. Proc. Natl Acad. Sci. ZDA 112713-718 (2015).

Člen  CAS  Google Scholar 

Kosuri, P., Altheimer, BD, Dai, M., Yin, P. & Zhuang, X. Sledenje rotaciji encimov za obdelavo genoma z uporabo DNA origami rotorjev. Narava 572136-140 (2019).

Člen  CAS  Google Scholar 

Yurke, B., Turberfield, AJ, Mills, AP, Simmel, FC & Neumann, JL Molekularni stroj na DNK, izdelan iz DNK. Narava 406605-608 (2000).

Člen  CAS  Google Scholar 

Šin, J.-S. & Pierce, NA Sintetični sprehajalec DNK za molekularni transport. J. Am. Kemija. Soc. 12610834-10835 (2004).

Člen  CAS  Google Scholar 

Green, S., Bath, J. & Turberfield, A. Usklajeni kemomehanski cikli: mehanizem za avtonomno molekularno gibanje. Fiz. Rev. Lett. 101238101 (2008).

Člen  CAS  Google Scholar 

Omabegho, T., Sha, R. & Seeman, NC Dvonožni Brownov motor DNK z usklajenimi nogami. Znanost 32467-71 (2009).

Člen  CAS  Google Scholar 

Lund, K. et al. Molekularni roboti, ki jih vodijo predpisane pokrajine. Narava 465206-210 (2010).

Člen  CAS  Google Scholar 

Khara, DC et al. DNK dinamika dvonožne motorične hoje: eksperimentalna in teoretična študija odvisnosti od velikosti koraka. Nucl. kisline res. 461553-1561 (2017).

Člen  Google Scholar 

Bazrafshan, A. et al. Nastavljivi DNK origami motorji se balistično premikajo na razdalje μm pri hitrosti nm/s. Angew. Kemija. Int. Ed. 599514-9521 (2020).

Člen  CAS  Google Scholar 

Tomaru, T., Suzuki, Y., Kawamata, I., Shin-ichiro, MN & Murata, S. Koračno delovanje rotacijske naprave DNA origami. Chem. Komun. 537716-7719 (2017).

Člen  CAS  Google Scholar 

Wang, Z.-G., Elbaz, J. & Willner, I. Dinamično programiran transporter DNK. Angew. Kemija. Int. Ed. 514322-4326 (2012).

Člen  CAS  Google Scholar 

Thubagere, AJ et al. DNK robot za razvrščanje tovora. Znanost 357, eaan6558 (2017).

Člen  Google Scholar 

Kuzyk, A. et al. Rekonfigurabilne 3D plazmonske metamolekule. Nat. Mater. 13862-866 (2014).

Člen  CAS  Google Scholar 

Ketterer, P., Willner, EM & Dietz, H. Nanometrski rotacijski aparat, oblikovan iz tesno prilegajočih komponent 3D DNK. Sci. Adv. 2, e1501209 (2016).

Člen  Google Scholar 

Ahmadi, Y. et al. Brownova in tokovna rotacijska dinamika večkomponentnega rotorja na osnovi DNK origami. majhno 162001855 (2020).

Člen  CAS  Google Scholar 

Bertosin, E. et al. Nanometrski batni rotacijski mehanizem z usklajenim nadzorom mobilnosti. Nat. Komun. 127138 (2021).

Člen  CAS  Google Scholar 

Kopperger, E. et al. Samosestavljena nanometrska robotska roka, ki jo krmilijo električna polja. Znanost 359296-301 (2018).

Člen  CAS  Google Scholar 

Tripathi, P. et al. Električno odvijanje citokroma c med translokacijo skozi zožitev nanopor. Proc. Natl Acad. Sci. ZDA 118, e2016262118 (2021).

Luan, B. & Aksimentiev, A. Elektroosmotski pregled naboja DNA v nanoporah. Fiz. Rev. E 78021912 (2008).

Člen  Google Scholar 

Holt, JK et al. Hiter transport mase skozi ogljikove nanocevke pod 2 nanometra. Znanost 3121034-1037 (2006).

Člen  CAS  Google Scholar 

Siria, A. et al. Velikanska osmotska pretvorba energije, izmerjena v eni sami transmembranski nanocevki borovega nitrida. Narava 494455-458 (2013).

Člen  CAS  Google Scholar 

Secchi, E. et al. Ogromen zdrs toka v ogljikovih nanocevkah, odvisen od polmera. Narava 537210-213 (2016).

Člen  CAS  Google Scholar 

Marbach, S. & Bocquet, L. Osmoza, od molekularnih vpogledov do obsežnih aplikacij. Kemija. Soc. Rev. 483102-3144 (2019).

Člen  CAS  Google Scholar 

Chen, K. et al. Dinamika gnanega transporta polimera skozi nanopore. Nat. Fiz. 171043-1049 (2021).

Člen  CAS  Google Scholar 

Plesa, C. et al. Neposredno opazovanje vozlov DNK z uporabo trdne nanopore. Nat. Nanotehnol. 111093-1097 (2016).

Člen  CAS  Google Scholar 

Phillips, JC et al. Razširljiva molekularna dinamika na arhitekturah CPE in GPE z NAMD. J. Chem. Fiz. 153044130 (2020).

Člen  CAS  Google Scholar 

Denning, EJ, Priyakumar, UD, Nilsson, L. & MacKerell, AD Jr. Vpliv vzorčenja 2-hidroksila na konformacijske lastnosti RNA: posodobitev vseatomskega aditivnega polja sile CHARMM za RNA. J. Računalništvo. Chem. 321929-1943 (2011).

Člen  CAS  Google Scholar 

Hart, K. et al. Optimizacija aditivnega polja sile CHARMM za DNK: izboljšana obravnava konformacijskega ravnovesja BI/BII. J. Chem. Teorija Comput. 8348-362 (2012).

Člen  CAS  Google Scholar 

Yoo, J. & Aksimentiev, A. Izboljšana parametrizacija ionov Li, Na, K in Mg za vseatomske simulacije molekularne dinamike sistemov nukleinskih kislin. J. Phys. Kemija. Lett. 345-50 (2012).

Člen  CAS  Google Scholar 

Jorgensen, WL, Chandrasekhar, J., Madura, JD, Impey, RW in Klein, ML Primerjava enostavnih potencialnih funkcij za simulacijo tekoče vode. J. Chem. Fiz. 79926-935 (1983).

Člen  CAS  Google Scholar 

Darden, TA, York, D. & Pedersen, L. Ewald mreže delcev: an N dnevnik(N) metoda za ewaldove vsote v velikih sistemih. J. Chem. Fiz. 9810089-10092 (1993).

Člen  CAS  Google Scholar 

Case, D. et al. Referenčni priročnik Amber 12 (Amber, 2012).

Humphrey, W., Dalke, A. in Schulten, K. VMD: vizualna molekularna dinamika. J. Mol. Graf. 1433-38 (1996).

Člen  CAS  Google Scholar 

Wilson, J. & Aksimentiev, A. Prenos transporta nanopor s stiskanjem vode. Fiz. Rev. Lett. 120268101 (2018).

Člen  CAS  Google Scholar 

Zhu, F., Tajkhorshid, E. & Schulten, K. Prenos vode povzročen s pritiskom v membranskih kanalih, ki ga proučuje molekularna dinamika. Biofiza. J. 83154-160 (2002).

Člen  CAS  Google Scholar 

Piana, S., Donchev, AG, Robustelli, P. & Shaw, DE Interakcije vodne disperzije močno vplivajo na simulirane strukturne lastnosti neurejenih stanj beljakovin. J. Phys. Kemija. B 1195113-5123 (2015).

Člen  CAS  Google Scholar 

Aksimentiev, A., Brunner, R., Cruz-Chu, ER, Comer, J. in Schulten, K. Modeliranje transporta skozi sintetične nanopore. IEEE Nanotechnol. mag. 320-28 (2009).

Člen  Google Scholar 

Patra, N., Wang, B. & Král, P. Nanokapljično aktivirano in vodeno zlaganje grafenskih nanostruktur. Nano Lett. 93766-3771 (2009).

Člen  CAS  Google Scholar 

Aksimentiev, A. & Schulten, K. Slikanje α-hemolizina z molekularno dinamiko: ionska prevodnost, osmotska prepustnost in karta elektrostatičnega potenciala. Biofiza. J. 883745-3761 (2005).

Člen  CAS  Google Scholar 

Aksimentiev, A., Heng, JB, Timp, G. & Schulten, K. Mikroskopska kinetika translokacije DNA skozi sintetične nanopore. Biofiza. J. 872086-2097 (2004).

Člen  CAS  Google Scholar 

Maffeo, C. & Aksimentiev, A. MrDNA: model z več ločljivostmi za napovedovanje strukture in dinamike sistemov DNK. Nucleic Acids Res. 485135-5146 (2020).

Člen  CAS  Google Scholar 

Gerling, T., Kube, M., Kick, B. & Dietz, H. Kovalentna vez, ki jo je mogoče programirati zaporedje, oblikovanih sklopov DNA. Sci. Adv. 4, eaau1157 (2018).

Člen  CAS  Google Scholar 

Comer, J. & Aksimentiev, A. Napovedovanje odvisnosti zaporedja DNK od ionskega toka nanopor z uporabo Brownove dinamike atomske ločljivosti. J. Phys. Chem. C. 1163376-3393 (2012).

Člen  CAS  Google Scholar 

Roux, B. Izračun potenciala srednje sile z uporabo računalniških simulacij. Comput. Fiz. Obče. 91275-282 (1995).

Člen  CAS  Google Scholar 

Friedman, AM & Kennedy, JW Samodifuzijski koeficienti kalijevih, cezijevih, jodidnih in kloridnih ionov v vodnih raztopinah. J. Am. Kemija. Soc. 774499-4501 (1955).

Člen  CAS  Google Scholar 

Liu, Q. & Prosperetti, A. Učinki stene na vrteči se krogli. J. Fluid Mech. 6571-21 (2010).

Člen  Google Scholar 

Pänke, O., Cherepanov, DA, Gumbowski, K., Engelbrecht, S. & Junge, W. Viskoelastična dinamika aktinskih filamentov, povezanih z rotacijsko F-ATPazo: profil kotnega navora encima. Biofiza. J. 811220-1233 (2001).

Člen  Google Scholar